24 ноября 2008 года Магнитский был арестован по обвинению в помощи главе фонда Уильяму Брудеру в уклонении от уплаты налогов. Инициировал дело подполковник милиции Артем Кузнецов, в отношении которого позже проводилась проверка в департаменте собственной безопасности МВД РФ, а расследование вел майор Павел Карпов. Согласно документам, представленным руководством компании Firestone Duncan, семья милиционера А. К. Кузнецова со скромной зарплатой 45 тысяч рублей ежемесячно за три года с 2005 по 2008 г. потратила более 3 миллионов долларов, а семья П. А. Карпова более $1 млн. Кузнецов ранее служил в Управлении по налоговым преступлениям ГУВД Москвы, а с начала 2010 года перешел в Департамент экономической безопасности (ДЭБ) МВД, получив повышение.

Как сообщало Интернет-агентство «Lenta.ru», уже упоминавшийся коллега Магнитского Джемисон Файрстоун собрал и направил в Департамент собственной безопасности МВД документы о том, что в январе 2007 года мать милиционера Лилия Кузнецова купила квартиру в элитном жилом комплексе в Москве за 1,64 миллиона долларов, а в ноябре его отец Константин Шавердян купил еще одну квартиру за 990 тысяч долларов. В августе и ноябре 2007 года в Ногинском районе Подмосковья мать Кузнецова приобрела земельные участки общей площадью 5 тысяч квадратных метров. В 2007 году 59-летняя Лилия Кузнецова обзавелась автомобилем Land Rover Freelander 2 за 65 тысяч долларов. Жена Кузнецова Нина Никифорова купила в 2008 году две машины: кабриолет Mercedes-Benz SLK за 81 тысячу

Коллеги Магнитского также выяснили, что Кузнецов неоднократно выезжал за рубеж. Согласно реестру Федеральной погранслужбы, с 2006 года скромный подполковник МВД Кузнецов посетил Лондон, Рим, Ларнаку, Дубай и Милан. 29 декабря 2006 года он вылетел в Гавану и вернулся 16 января 2007 года, а 28 декабря 2007 года отправился в Париж, откуда вернулся 20 января 2008 года. Кроме того, в апреле 2007 года он вылетал из Внуково на Кипр на частном самолете. Файрстоун подготовил обращения с просьбой проверить источники обогащения семьи подполковника Кузнецова к президенту РФ Дмитрию Медведеву, генпрокурору Юрию Чайке, а также в ДСБ и Управление организации профилактики коррупционных и иных правонарушений Департамента кадрового обеспечения МВД. Судя по материалам на сайте «Остановить неприкасаемых!», жалобы были направлены 21 мая 2010 г., ответов на них так и не поступило.

В начале декабря 2007 года юристы Hermitage Capital подали заявления о возбуждении уголовного дела по факту хищения компаний фонда и причастности к этому преступлению Кузнецова и Карпова. Но уже под конец 2007 года те самые компании обратились за возвратом налогов за 2006 год на сумму 5,4 миллиарда рублей. За несколько дней возврат налогов был одобрен, и бюджетные деньги ушли на счета в коммерческих банках. Летом 2008 года Магнитский дал первые показания по делу о перерегистрации компаний, еще не зная о хищении 5,4 миллиарда рублей из российского бюджета. Тем временем Кузнецова назначили в следственную группу по расследованию хищения компаний Hermitage Capital. После того, как Магнитский обнаружил доказательства хищения госсредств, фонд подал новые жалобы на имя главы СКП РФ Александра Бастрыкина, генпрокурора Чайки, главы МВД Рашида Нургалиева и других должностных лиц.

Судьба самого Магнитского печальна. На суде он заявил, что стал заложником тех аферистов и мошенников, которые уводили миллиарды рублей из бюджета государства. Через год после ареста он скончался в СИЗО «Матросская тишина». Официально – от разрыва поджелудочной железы в результате панкреонекроза. Предварительный вывод, что смерть его наступила в результате черепно-мозговой травмы, из его дела был изъят. Владелец фонда Hermitage Capital Браудер, коллеги и друзья Магнитского развернули практически всемирную кампанию с требованием наказать виновных в его смерти, которая, как они утверждали, наступила в результате пыток и сознательного отказа Магнитскому в медицинской помощи. Кампания эта продолжается до сих пор, но российские власти не призвали к ответу никого из тех, кто вольно или невольно помог Магнитскому отправиться на тот свет в возрасте 37 лет.