После отстоя вода очищается приблизительно на 50–60 %. На дне первой емкости осаждаются все тяжелые фракции, в частности фекальные массы. Эту первую емкость необходимо снабдить дополнительными фильтрами и уловителями жира, который способен полностью забить всю систему автономной канализации. Этот первый цикл очистки типичен для различных типов септиков.

Затем через специальный биофильтр, на котором обитают анаэробные бактерии, более легкие фракции с частично осветленными сточными водами поступают в следующую камеру септика. Анаэробные бактерии – это живые организмы, которые не требуют для своего развития молекулярного кислорода и солнечного света. Обычно фильтр выглядит как щеточки типа ершиков для мытья посуды, на которых поселяются бактерии. Так как бактерии разлагают биологические вещества, то при прохождении биофильтра стоки очищаются. Во второй камере стоки снова отстаиваются, здесь вторично осуществляется разделение тех взвешенных частиц, которые не задержались в первой камере и на биофильтре.

Дальнейшая технология, начиная со второго цикла, может принципиально различаться в разных типах септиков. В некоторых септиках стоки из второй камеры могут попасть на следующий анаэробный биофильтр, где будет совершаться вторичное разложение органики. Затем стоки попадут в третий отсек для полного осаждения взвешенных веществ. Далее стоки отправляются в фильтрующий колодец или на поля фильтрации.

Посетители критского царского дворца проходили через вестибюль, где стояла большая порфировая чаша для ритуальных омовений. По всей вероятности, предстать в середине II тыс. до н. э. пред царскими очами можно было только предварительно смыв с себя все дурное.

Иногда стоки после первой же стадии очистки попадают в «конечный пункт», минуя вторую стадию очистки.

В новейших многокамерных септиках сточные воды после первичной очистки в виде отстоя взвешенных частиц проходят вторичную очистку в анаэробном (без кислорода) биофильтре и попадают в отсек, в который под давлением нагнетается воздух, создающий среду, насыщенную кислородом. Здесь на иных разновидностях фильтров поселяются другие типы бактерий – аэробные, которые, в отличие от анаэробов, нуждаются в свободном молекулярном кислороде, и которые окисляют и разлагают все что можно. В аэробных установках обычно используют активный ил, образно его можно назвать «рассадником» аэробных бактерий. В обогащенном пузырьками «кислородном коктейле» эти организмы хорошо развиваются и прекрасно «работают», биологически окисляя органические соединения. Так органика поочередно разрушается двумя видами бактерий (анаэробными и аэробными), что ведет к более качественной очистке стоков.

Благодаря деятельности бактерий, степень очистки сточных вод достигает 90–95 %, поэтому воду из таких многокамерных септиков можно считать достаточно чистой. Ее можно использовать для технических нужд: полива растений, различных хозяйственных нужд или просто выпускать в местные водоемы.

Однако существует принцип очистки стоков реакторами переменного действия. Он основан на работе двух типов бактерий в одной общей камере, в которую насаждают некие факультативные группы бактерий, способные жить как в аэробной, так и в анаэробной среде. Когда стоки насыщаются воздухом, совершается аэрация, тогда работает одна группа бактерий (аэробных). При отключении компрессора в условиях «кислородного голодания» органику разрушает анаэробная группа бактерий. Этот способ очистки расценивается как очень эффективный, основанные на этом принципе работы септики имеют сравнительно небольшие размеры. Этот принцип очистки стоков реакторами переменного действия предлагают, преимущественно, европейские компании, или отечественные производители, перенявшие западный опыт.