К тому времени на узбекской стороне обстановка все более накалялась и стала взрывоопасной. Одной из причин этого стало появление одной небольшой и неизвестной толпы людей в районе пересечения шоссейной дороги, ведущей в аэропорт г. Ош, с кольцевой. Часть узбеков, увидев людей на шоссе, стали кричать о том, что к ним пришла подмога с Андижанской области, и бросились в их сторону, обходя правый фланг цепи правоохранительных органов. Выстрелами в воздух, с использованием дымовых шашек, прорвавшихся удалось вернуть в основную толпу. После этого разбушевавшаяся толпа инспирировала столкновение с силами общественного порядка. ОМОНовцев толпа забрасывала камнями, бутылками и другими подручными предметами. Пьяные молодчики, пританцовывая, кричали, что [в н]их стреляют холостыми патронами, призывали решительнее атаковать кордон ОМОНовцев. В этой ситуации один из сотрудников был затащен в толпу, к нему была применена физическая сила. Стоящими солдатами сзади кордона ОМОН были сделаны несколько предупредительных выстрелов в воздух. Однако и это не остановило толпу.

В этот критический момент ОМОНовцами был открыт огонь. Увидев лежащих раненых, несколько человек узбекской национальности одного раненого подняли на вытянутых руках вверх и с криками «Кровь за кровь» направились в сторону города. За ними хлынула в город часть толпы, в основном молодежь. Остальная часть с криками начала расходиться. Толпа, устремившаяся в город, совершала погромы, двигаясь к центру, переворачивая и поджигая личный и общественный транспорт.

К этому времени удалось уговорить киргизов уйти с поля. Большая часть толпы пешим ходом шла по улице Касымбекова и по переулку Юбилейный, а затем начала двигаться в сторону Юго-Восточного микрорайона с целью сопровождать студенческую молодежь в студгородок. Но увидев по дороге бесчинства узбекской толпы, она также начала погромы и бесчинства на своем пути.

Узбекская толпа подошла и атаковала студенческие общежития ОГПИ по ул. Ленина. Затем двигалась вверх по ул. Ленина и Свердлова, постепенно следуя по кварталам города. Толпа киргизской молодежи, учиняя погромы, дошла до студгородка, оставив там студентов, обратно направилась в микрорайон ОПХБО.

После начала массовых беспорядков неизвестными лицами в количестве 30–40 человек была совершена попытка нападения на здание Ошского ГОВД, СИЗО № 5, УВД Ошского облисполкома, нападение отражено дежурными нарядами милиции с применением огнестрельного оружия.

К этому времени было задержано 35 активных участников погромов и массовых беспорядков.

Массовые беспорядки начались и в других районах области. 4.06 к 19 часам в с. Кара-Кульджа Советского района прибыли водители рейсовых автобусов, начавшие распространять среди жителей села слухи о происходящих в г. Оше физических расправах узбеков над киргизами. Один из водителей, по фамилии Абдукуров И., был вызван в здание РОВД для профилактической беседы. В это время у здания РОВД собралась толпа и потребовала отпустить Абдукурова.

Часть толпы захватила 4 автобуса местной автобазы и намеревалась выехать в г. Ош для оказания помощи киргизам. Принятыми мерами накалившуюся обстановку на время удалось нормализовать. Однако к 24 часам того же дня в с. Кара-Кульджа стали появляться киргизы, проживающие в Узгенском районе, которые распространяли слухи об избиениях в г. Узгене лиц киргизской национальности. Утром 5.06 с.г. на границе с Узгенским районом собралось большое количество жителей Советского района с намерением напасть на проживающих там узбеков. Настроение толпы активно подогревал Кочкоров К., бывший ответственный работник района. Несмотря на принятые меры, толпа примерно к 17 часам устремилась в г. Узген, совершая на своем пути погромы, поджоги и убийства лиц узбекской национальности. Общее количество прибывших в г. Узген на автомашинах и конным порядком жителей Советского района достигало приблизительно 1 тысячи человек. Первоначальный натиск прибывшей толпы узгенскими узбеками был отражен.