В 1629 году, в поисках покоя и безопасности (он боялся преследований со стороны властей за свои научные идеи), он снова обосновался в протестантской и республиканской Голландии, где вел обширную переписку с лучшими учеными Европы, изучал самые различные науки – от медицины до метеорологии. В течение двадцати лет своего пребывания в Голландии Декарт менял место своего жительства пятнадцать раз, тщательно скрывая адрес от своих корреспондентов.
В 1634 году он завершил работу над трактатом «О мире и свете». Однако, узнав, что инквизиция только что осудила Галилея за его учение о движении Земли, он испугался (Декарт, как и Галилей, был сторонником гелиоцентризма) и принял решение не печатать эту работу.
В 1635 году от горничной у Декарта родилась дочь Франсина, умершая в пять лет от скарлатины. Ее смерть стала тяжелым ударом для Рене.
В 1637 году появилась книга «Рассуждение о методе», ключевая работа в истории мышления, где Декарт выдвигает тезис «я мыслю, следовательно, я существую». В 1641 году он опубликовал «Размышления об основах философии», где сформулировал свое учение о дуализме духа и тела (дух и тело – два абсолютно независимых друг от друга начала), а в 1644-м – «Начала философии», где утверждает, что вселенная, хотя и сотворена Богом, действует как самостоятельный механизм.
«Размышления» и «Начала» продавались плохо, однако сравнительно небольшой кружок поклонников популяризовал и пропагандировал его идеи.
Голландия не оказалась, как думал Декарт, страной свободы: он стал объектом нападок со стороны протестантских фанатиков, обвинявших его в атеизме.
Через своего друга Пьера Шаню, французского посла в Стокгольме, он вступил в переписку с королевой Кристиной Шведской, смелой и ученой дамой. Она пригласила его ко двору и в сентябре 1649 года послала за ним военный корабль. Позже выяснилось, что она хотела брать у Декарта ежедневные уроки, но не могла найти свободного времени, кроме как в 5 часов утра. Непривычный ранний подъем был отнюдь не самым приятным для него занятием.
Декарт буквально надорвался. К тому же холодная шведская зима губительно повлияла на его здоровье. Простудившись, 11 февраля 1650 года, на девятый день болезни, он умер от воспаления легких.
Некоторое время философию Декарта поддерживали иезуиты, надеявшиеся с ее помощью бороться против повсеместного распространения материалистических взглядов. Со временем они же признали философию Декарта опасной и повели против нее решительную борьбу. Людовик XIV специальным указом запретил преподавание философии Декарта во всех учебных заведениях Франции. Однако на рубеже веков, когда преследование несколько стихло, обнаружилось, что во всех университетах Франции под видом аристотелевской философии преподают картезианскую.
Спустя 17 лет после смерти ученого его останки были перевезены из Стокгольма в Париж и захоронены в аббатстве Сен-Жермен-де-Пре. Хотя Национальный конвент еще в 1792 году планировал перенести прах Декарта в Пантеон, он все так же продолжает покоиться в аббатстве, а его череп – в Национальном музее естественной истории.
Декарт – крупный ученый, основоположник всего теоретического естествознания Нового времени. Он настоящий гений аналитики, хотя порой делает сомнительные открытия. Он был убежден, например, что человеческий дух находится в шишковидной железе…
Выдвинув тезис «я мыслю, следовательно, я существую», Декарт заложил фундамент философии Нового времени, неосознанно став интеллектуальным отцом современного субъективизма, агностицизма и атеизма.