В июле 1644 года Иэмицу исполнилось пятьдесят лет. Последние годы его правления были довольно спокойными: состав бакуфу стабилизировался, в нём остались только те, кто его полностью устраивал. Сам он к этому времени отошёл от текущих дел, возложив всю черновую работу на чиновников. Сёгуну лишь подавали на утверждение готовые проекты решений.

В годы правления третьего сёгуна натуральный обмен был окончательно вытеснен из хозяйственной жизни, практически вся оплата товаров и услуг стала производиться золотыми, серебряными и медными монетами. Добыча драгоценных металлов понемногу снижалась, но новые монеты продолжали выпускаться, объём денежного обращения рос, торговля продолжала развиваться. При Иэмицу из казны было потрачено больше пяти миллионов рё золотом, но и своему сыну он оставил немало – более шести миллионов рё. Больше всего денег ушло на десять выездов сёгуна в Никко и возведение там мемориального комплекса Иэясу.

Токугава Ёринобу, десятый сын Иэясу

В последние годы Иэмицу стал чаще ездить на охоту и проводил на ней до десяти дней в месяц. Но, поскольку с детства отличался слабым здоровьем, часто простужался и болел. При ознобе сёгуну давали лекарство и укрывали пятью-шестью футонами, под которыми он покрывался потом, чувствовал себя ещё хуже и жаловался на жар. Лечивших его врачей нещадно ругал и наказывал, если считал, что они делают что-то неправильно; при простуде требовал лечить его по рецептам деда Иэясу, в которого очень верил и считал выдающимся врачом. По мнению японского историка Ямамото Хирофуми, у третьего сёгуна присутствовали симптомы умеренного депрессивного расстройства в виде повышенной тревожности (Ямамото, 2008).

После сорока лет Иэмицу часто жаловался на головокружения и тяжесть в голове; в конце 1649 года он уже с трудом выдерживал долгие церемонии в замке. Следующим летом сёгун по совету врачей стал чаще ездить на охоту и бывать на свежем воздухе. Осенью он почувствовал себя лучше, но в декабре снова наступил спад, и на новогоднем ритуале его заменял девятилетний сын Иэцуна. По всей видимости, в феврале 1651 года Иэмицу перенёс инсульт, после которого, согласно семейной хронике, он с трудом передвигался (Токугава дзикки). После этого он не участвовал ни в одной официальной церемонии.

Двадцать первого марта навестить больного прибыли посланники императорского дома, а в главных храмах страны прошли молебны во здравие правителя. В апреле, с началом ежегодной воинской службы, к воротам замка потянулись даймё с подарками и пожеланиями скорейшего выздоровления. За два месяца Иэмицу ни разу не появился на публике и 20 апреля скончался на сорок восьмом году жизни, вероятнее всего, от последствий перенесённого инсульта.

В тот же день советники бакуфу в соответствии с волей покойного объявили преемником его старшего сына Иэцуна. В день смерти третьего сёгуна, следуя ритуалу дзюнси (букв. «смерть вослед»), покончили жизнь самоубийством советники бакуфу Абэ Сигэцугу, Хотта Масамори и хатамото Утида Масанобу. Абэ объявил о своём намерении сразу, едва узнав о смерти Иэмицу. Его пытались отговорить, но он напомнил, что навсегда связал свою жизнь с сёгуном в тот момент, когда вызвался решить вопрос с его младшим братом Таданага, и теперь не видит смысла в её продолжении. На следующий день, 21 апреля, вслед за Абэ покончил жизнь самоубийством хатамото Окуяма Ясусигэ, а 23 апреля – хатамото Саэгуса Морисигэ.

Обстоятельства смерти Иэмицу – сравнительно молодой возраст и малолетний сын-наследник – изменили традицию двух первых сёгунов уходить в отставку. Следующие четыре сёгуна Токугава оставались на посту до самой смерти.