В штабе Попова собрались члены ЦК партии эсеров.

Дзержинский: «Я с тремя товарищами поехал в отряд, чтобы узнать правду и арестовать Блюмкина. В комнате штаба было около десяти-двенадцати матросов. Попов в комнату явился только после того, как мы были обезоружены, стал бросать обвинения, что наши декреты пишутся по приказу "его сиятельства графа Мирбаха…"»

Дзержинский требовал выдать Блюмкина, угрожал: «За голову Мирбаха ответит своей головой весь ваш ЦК».

Левые эсеры отказались выдать Блюмкина и Андреева. Член ЦК партии левых эсеров Владимир Александрович Карелин, недавний нарком имуществ (он ушел в отставку в знак протеста против Брестского мира), предложил разоружить охрану Дзержинского, которая не стала сопротивляться. Вячеслав Александрович сказал председателю ВЧК: «По постановлению ЦК партии левых эсеров объявляю вас арестованным».

Вечером Александрович приехал в здание ВЧК и распорядился арестовать Мартына Ивановича Лациса, которого отправил в отряд Попова. Лацис (Ян Судрабс) был членом коллегии ВЧК и заведовал отделом по борьбе с контрреволюцией. Лациса матросы хотели расстрелять. Александрович его спас, распорядился: «Убивать не надо, отправьте подальше».

Оставшись без председателя, подчиненные Дзержинского не знали что делать. В критической ситуации, когда речь шла о судьбе большевиков, чекисты растерялись.

Командир эсеровского отряда Дмитрий Попов после подавления мятежа несколько месяцев скрывался в Москве. В конце года по поручению ЦК своей партии уехал в Харьков. Под другой фамилией служил на Украине в Красной армии. В 1919 году вступил в партию анархистов и присоединился к Махно, стал у Нестора Ивановича членом Реввоенсовета армии. Осенью 1920 года Махно поручил ему вести переговоры с большевиками о совместных действиях против белой армии генерала Петра Николаевича Врангеля.

В удобный момент чекисты арестовали Попова и отправили в Москву. На Лубянке его допрашивали – и не только относительно июльских событий. Мартын Лацис передал следователю указание Дзержинского: «Попова держать до более подходящего момента, до ликвидации Махно, выжимая из него все сведения». Весной 1921 года его расстреляли. Уже в наши дни генеральная прокуратура России установила: «Материалов о преступной деятельности Попова, которая бы повлекла за собой высшую меру социальной защиты (расстрел), в деле не имеется. На Попова Дмитрия Ивановича распространяется действие закона «О реабилитации жертв политических репрессий».

Дзержинский приказал найти и арестовать его заместителя Вячеслава Александровича. Его сразу же днем 7 июля допросили. Он заявил: «Все, что я сделал, я сделал согласно постановлению Центрального комитета партии левых социалистов-революционеров. Отвечать на задаваемые мне вопросы я считаю морально недопустимым и отказываюсь».

Три следователя ВЧК тут же составили заключение по его делу. Вечером 7 июля смертный приговор был утвержден. Через день, в ночь на 9 июля, его расстреляли. Дзержинский очень торопился. Думал, видимо, что придется освободить Александровича, но не хотел этого.

Александра Михайловна Коллонтай пыталась вступиться за «Славушку». Но Дзержинский сказал, что его уже расстреляли, как и еще 12 чекистов из отряда Дмитрия Попова. Александра Михайловна записала в дневнике:

«Провела бессонную ночь. Нет больше нашего Славушки. Ведь он безумно хотел своим выстрелом разбудить немецкий пролетариат от пассивности и развязать революцию в Германии… Под утро мы вышли на улицу. Светлая, бело-сизая ночь, любимая ночь в любимейшем городе, переходила в день, но Славушки уже нет и не будет. Милый мой Исаакиевский собор. Зеленый скверик. Пока пустынно. Скоро город заполнится спешащими по делам людьми. Кто и что для них Славушка? А ведь он жил и страдал за них!»