Во исполнение повеления императрицы 19 октября 1778 г. на правом берегу Днепра, вблизи впадения реки в Днепровский лиман Чёрного моря, были заложены город, крепость и верфь.

В июне 1782 г. крымский хан Шагин Гирей в беседе с русским посланником П.П. Веселицким предложил Екатерине II продать Ахтиарскую бухту за 300 тысяч рублей. Императрица отнеслась к этому предложению как к «недоразумению», заявив в письме к Потёмкину от 8 октября 1782 г.: «…надо будет – займём и без них».

17 ноября 1782 г. в Ахтиарскую бухту вошли фрегаты 8-й и 11-й (в мае 1783 г. переименованные в «Осторожный» и «Храбрый»). Это были первые российские военные суда, оставшиеся на зимовку в Ахтиарском заливе. Капитан-лейтенант И.М. Одинцов поставил фрегаты у деревушки Ахтиар, а их команды разместил в её опустевших татарских мазанках.

14 декабря 1782 г. Екатерина II подписала «секретнейший» рескрипт на имя князя Г.А. Потёмкина, в котором объявила свою волю на присоединение Крыма в случае неблагоприятного для России развития событий как на самом полуострове, так и вокруг него. До принятия окончательного решения в качестве первоочередной задачи предписывалось «удержание во владении нашем Ахт-Ярской гавани».

Что же произошло с весны 1778 г., когда за такое предложение турнули с поста «провидца» Прозоровского? 29 ноября 1780 г. умерла австрийская императрица Мария-Терезия, и новый император Иосиф II начал искать пути сближения с Россией. В итоге в мае – июне 1781 г. был заключён русско-австрийский союз, следствием которого стала Австрийско-турецкая война 1788–1791 гг. и Русско-турецкая война 1787–1792 гг.

Россия обзавелась сильным союзником для борьбы с османами. А в тылу русских войск была не Дикая степь с Запорожской Сечью, которая мнила себя незалежным государством, а Новая Россия.

8 апреля 1783 г. Екатерина II подписала манифест «О принятии полуострова Крымского, острова Тамана и всей Кубанской стороны под Российскую державу», который должен был временно храниться в тайне. В этот день Г.А. Потёмкин, который совместно с императрицей работал над документом, отправился в Новороссию. По дороге он узнал о том, что Шагин Гирей отрёкся от ханства. Ситуация требовала быстрых и решительных мер для поддержания порядка в Крыму и на Кубани в условиях вакуума власти. По приказу Потёмкина русские войска заняли стратегически важные пункты на Кубани и в Крыму.

В апреле 1783 г. к Ахтиарской гавани подошли Копорский и Днепровский полки, а также части полевой артиллерии. 2 мая в Ахтиарскую гавань прибыл из Керчи отряд из пяти фрегатов и восьми других судов Азовской флотилии под командованием вице-адмирала Ф.А. Клокачёва.

Строительством порта Ахтиара заведовал контр-адмирал Ф.Ф. Мекензи. В 1783 г. должность флаг-офицера и адъютанта при нём занимал лейтенант Дмитрий Сенявин, будущий знаменитый флотоводец и государственный деятель. В своих «Записках» Сенявин описал, как происходило основание порта: «Перед обедом, когда командиры все собрались, адмирал при объявлении им приказания главнокомандующего говорил: “Господа, здесь мы будем зимовать. Старайтесь каждый для себя что-нибудь выстроить, я буду помогать вам лесом, сколько можно уделить, прочее сами знаете, так и делайте; более ничего; идёмте кушать”»[18].

Первые каменные здания нового порта были заложены 3 июня 1783 г. Сенявин пишет, что «в Балаклаве отыскали несколько греков, знающих хорошо строить порядочные здания из тамошнего камня и плитняка. Назначив места под строения, доставив туда надобное количество всякого рода вещей и материалов, адмирал 3-го июня заложил четыре здания. Первое, часовню во имя Николая чудотворца, на том самом месте, где и ныне церковь морская существует»