По поводу качества русских кораблей посол в Англии граф С. Р. Воронцов написал Г. Г. Кушелеву 24 сентября/5 октября 1799 г.: «…И если мы желаем, чтобы наши корабли что-нибудь значили, то кроме употребления на строение хорошего сухого лесу, необходимо нужно, чтобы они были обшиты медью и чтобы их гораздо чаще вводили в доки для починок, для перекраски и осмотру дна, а не так как бывало прежде, когда и самые прекрасно строенные корабли, я разумею те, что взяли от шведов[1], от запущения и нерадения все перегнили, что чуть было не отправило норвежским рыбам на пищу бедного адмирала Карцова со всем его экипажем».

В итоге к концу 1798 г. состав российских морских сил, помогавших защищать Англию, включал 14 линейных кораблей, 4 фрегата, 1 катер, несших 1180 пушек. Численный список экипажей состоял из 10 556 человек. Это уже была грозная сила, способная не только к блокированию неприятельского берега, но и к активным боевым действиям против его военных флотов. В конце декабря все русские корабли встали на зимовку на Блекстекском, Норском и Ярмутском рейдах. Находившиеся в море почти два месяца корабли требовали ремонта и в течение зимы доковались.

Павел I 26 марта 1799 г. подписал указание контр-адмиралу П. К. Карцову: следовать в Средиземное море «для скорейшего усиления эскадры вице-адмирала Ушакова, которому повелено от нас для безопасности Сицилии и Сардинии следовать к оным островам и прикрывая их от покушения французов». Тогда же П. К. Карцов был произведен в вице-адмиралы.

29 апреля корабли «Исидор», «Азия», «Победа» и фрегат «Поспешный» под флагом вице-адмирала П. К. Карцова снялись с якоря и 5 мая прибыли в Портсмут.

2 июня эскадра покинула Портсмут вместе с тремя английскими фрегатами и транспортными судами, идущими в Португалию и Гибралтар. 3 августа она прибыла в Палермо, куда 22 августа вошла эскадра Ф. Ф. Ушакова, и далее они действовали совместно.

Остальные русские суда, оставшиеся в Англии, начиная с мая выходили в крейсерства совместно с английскими эскадрами. М.К. Макаров с А. Дунканом у Текселя, Е. Е. Тет – у Гелевутслейса (в устьях реки Мааса).

В июле 1799 г. в Россию, в Ревель ушли суда, наиболее пострадавшие в прошлом году от штормов – корабли «Алексей», «Изяслав» и фрегат «Нарва» под командованием контр-адмирала М.И. Борисова.

Граф С. Р. Воронцов писал, что его посетил английский адмирал Митчелл, побывавший на эскадре М. К. Макарова. Между прочим, он уверял, «что в северной эскадре кроме корабля самого Дункана, да и во всем английском флоте едва 10 кораблей сыщится, которые бы смогли сравняться чистотою и порядком с кораблем “Елисавета”, на коем он Макаров; также особенно хвалил корабли под командою капитанов Грейга (“Ретвизан”) и Моллера (“Мстислав”), и вообще отзывался, что российские офицеры вежливостью своею, искусством, порядком и усердием к службе заслужили превеликое у всех почтение».

В 1799 г. союзники начали военные действия в Батавской республике с целью изгнать из нее французов, восстановить правление штатгальтера и захватить или уничтожить голландский флот. Россия обязалась предоставить для этих действий войска.

11 июня 1799 г. в С.-Петербурге была заключена русско-английская союзная конвенция о проведении совместной десантной экспедиции для освобождения Голландии (Батавской республики) от французов. Россия представляла для этой цели корпус войск в составе двух дивизий (17 500 человек) под начальством генерала А.Н. Германа. Одна дивизия перевозилась на русской эскадре, другая на английской, присланной в Балтийское море. Англия обязывалась оплатить расходы по снаряжению десантного корпуса и эскадры во все время экспедиции до их возвращения в Россию. Со своей стороны англичане направляли 13 000 человек.