Надо учиться летать! Эти слова бесконечно повторял Александр и писал рапорты начальству. Оказалось, что в это время его желание совпало с потребностью флота. Ещё за два года до войны Морской Генеральный штаб обосновал необходимость создания морской авиации. Самолёты флота должны вести разведку, охранять корабли и базы, а также наносить бомбовые удары по морским целям. Приказом Морского министра Григоровича от 18 мая 1912 года на всех флотах России начали формироваться авиационные подразделения. Тогда же, помимо Гатчины, морских лётчиков начали готовить на Офицерских теоретических курсах авиации и воздухоплавания имени В. В. Захарова на кораблестроительном отделении Политехнического института в Петербурге. Эти курсы существовали на проценты от пожертвования гражданина Франции, Василия Васильевича Захарова. Сейчас, в начале 1915 года, нехватка морских лётчиков стала очевидной и для начальства. Рапорт мичмана Прокофьева был удовлетворен, и он командируется на Офицерские курсы при Политехническом институте.
Здесь преподают теорию полёта, конструкцию самолётов и авиационных двигателей, приборное оборудование самолётов и их вооружение, а также тактику боевого применения авиации. После завершения теоретического курса офицеры направляются в лётные школы для обучения полётам. Мичман Прокофьев получает назначение в Гатчину. Тут его младший брат Георгий, будучи уже инструктором по лётной подготовке, берётся сделать из Александра пилота.
Александр учится летать на «Фармане», 1915 год
Старенький и надёжный «Фарман» оказался самым подходящим для первоначального обучения, и Саша, волнуясь как школьник, облачившись в лётную форму, занимает совершенно открытое место пилота.
Весна 1915 года была в Гатчине тёплой и солнечной. Братья трудились со всей ответственностью. Через неделю после вывозных полётов и рулёжек в отведённом для этого секторе аэродрома Александр вылетел на «Фармане» самостоятельно. Третий Прокофьев начал свою лётную жизнь. Вся программа обучения полётам была пройдена, и мичман Александр Прокофьев уже собирался возвращаться в Петербург в Политехнический институт для сдачи выпускного экзамена. Но у его флотских начальников были другие планы. Они решили сделать из него боевого лётчика и откомандировали мичмана в Севастопольскую авиашколу для освоения скоростного «Вуазена». У этого самолёта уже была полузакрытая кабина и мощный звездообразный мотор с толкающим винтом.
Севастопольская офицерская авиационная школа располагалась в новом посёлке на берегу реки Кача в нескольких километрах от берега Чёрного моря. На краю её лётного поля стояли аэропланы самых последних конструкций, оснащённые пулемётами. Командированные сюда офицеры уже умели летать. Здесь они переучивались на новые типы самолётов и отрабатывали приёмы воздушного боя. Биплан Вуазена покорился Александру с первого же полёта. Он был более маневренный, и на нём очень хотелось закладывать глубокие виражи, пикировать и затем взмывать, ощущая, как перегрузка вдавливает тело в сиденье. Азарт свободного полёта часто захлёстывал рассудок молодого пилота. В воздухе он чувствовал себя как рыба в воде. Когда приступили к учебным бомбометаниям и стрельбам по воздушным целям, Александр проявил себя как расчётливый снайпер, необременённый пилотированием самолёта. Уже начали говорить, что мичман Прокофьев один из лучших курсантов авиашколы. Но в один день всё рухнуло.
Летающие Прокофьевы. Николай с сыновьями Георгием (слева) и Александром
В этот день учебный процесс инспектировало начальство из Петербурга, и полётами руководил сам начальник авиашколы. Александр взлетел вторым и по утверждённому плану должен был провести воздушный бой с лучшим и опытнейшим курсантом авиашколы. При этом ему было приказано изображать немецкий самолёт и позволить «противнику» зайти себе в хвост, чтобы быть условно сбитым. Но в пылу воздушного боя он ослушался приказа и сам зашел в хвост товарища, разрушив так хорошо придуманный патриотический сценарий показательного воздушного боя. Но этого было мало. После посадки «сбитого» самолёта Александр садиться не хотел и продолжал крутить в воздухе замысловатые фигуры, включая пикирование на стоянку самолётов, возле которой стояло всё начальство. Такое поведение курсанта Прокофьева квалифицировали как воздушное хулиганство и неисполнение приказа начальника авиашколы. Его отстранили от полётов, а через несколько дней зачитали приказ: «…мичмана Прокофьева отчислить из Севастопольской Офицерской авиашколы и командировать в Гатчинскую авиашколу для дальнейшего обучения полётам». Это был страшный удар по самолюбию молодого офицера, но пришлось подчиниться и поехать в Петроград.