Всю зиму хан готовился к войне, собирая войска и укрепляя Искер, а в середине весны 1583 года состоялась основная кампания. Сперва, в мае, сибирские войска потерпели поражение в многодневной битве на Тоболе. Затем, после долгого перерыва, 23 октября, на берегу Иртыша, на Чувашском мысу, казаки ценой страшных потерь (107 бойцов только убитыми) разгромили огромную армию, ведомую самим Кучумом, заняв после этого брошенный ханом Искер, где нашли гигантские склады отборной «мягкой рухляди», оправдав тем самым все затраты на подготовку к походу. Больше того. Остяки и вогулы, давно уже недовольные налоговой политикой Кучума (меха для хана, меха для Бухары, меха для ногайцев, меха для казахов) и нравами его князей (меха, меха, меха!), пошли к Ермаку толпой, охотно принося шерть – клятву верности. Благо ставки ясака Москва назначала более чем умеренные, а присягнувших туземцев (в отличие от «немирных») казаки не обижали под страхом смерти. В сущности, на этом война с Сибирским ханством была завершена. Продолжалась война с Шейбанидами, не собиравшимися отказываться от своих прав. Война нудная, но не слишком трудная: даже лучшие татарские полководцы, вроде Кучумова племянника Махметкула (позже, уже в плену, ставшего известным московским воеводой), сталкиваясь с людьми Ермака, из раза в раз терпели поражения. Редкие и весьма небольшие удачи случались лишь благодаря хитростям вроде ложных присяг и ударов в спину. 22 декабря 1583 года в Москву пошло сообщение о покорении Сибири и сокрушении ханства. В Кремле весть встретили с не меньшим восторгом, чем некогда весть о взятии Казани. Награды и милости, не говоря уж об амнистиях, пролились дождем, по царскому приказу в Сибирь двинулось солидное (500 стрельцов с «огненным боем») подкрепление во главе с князем Болховским. Однако при всем внешнем блеске успех был с червоточиной. То, чего не могли сделать татары, сделал голод. За полтора года войны хозяйство страны было полностью разрушено, запасы исчерпаны, сеять казаки не умели, да и не могли, а реквизировать запасы у присягнувших туземцев строго запрещала Москва, тем паче что такие реквизиции могли повлечь за собой всеобщий бунт или, по крайней мере, уход «мирных» в леса. Скудные припасы, привезенные в обозе Болховского, ситуацию не облегчили, а едоков прибавилось. В сущности, стабильность в brigada держалась только на абсолютном авторитете атамана и вере братвы в то, что Папа чего-то придумает. Возможно, и придумал бы. Но в ночь на 6 августа 1584 года, попав в засаду на берегу Иртыша, Ермак погиб, и его гибель деморализовала казаков настолько, что они вместе со стрельцами Болховского просто бежали из Сибири, бросив завоеванное на произвол судьбы. В пустой Искер вновь вошли татары.

Воспользоваться шансом Кучум не сумел. Он, похоже, был тяжело болен, а его сын Али не удержал ситуацию и увяз в борьбе с Сейдяком, племянником убитого некогда Едигера, как снег на голову свалившимся из Бухары с дружиной очередных искателей приключений. Основной задачей, решить которую пытались оба, было вновь «примучить» ясачные народы, отучив их от такой глупости, как «русские» расценки. Ясачные не соглашались. В стране начался бардак, в котором участвовали все, кроме русских, никуда не спешивших. Лишь в конце 1585 года воевода Мансуров, выйдя к Оби, построил там городок, перезимовал и вернулся в Россию, сообщив царю и Думе, что ничего особо страшного нет. После чего 300 стрельцов под началом Василия Сукина, Ивана Мясного и Данилы Чулкова без боев прошли по территории ханства, 29 июня заняли покинутую татарами Чинги-Туру и в тот же день рядом с ней заложили Тюмень – первый полноценный русский город в Сибири. Полгода спустя, весной 1587 года, под боком у второй столицы, Искера, был основан Тобольск; в 1588-м был интернирован и вместе со свитой отправлен в Москву Сейдяк, после чего его войско разбежалось, а Искер с тех пор опустел навсегда. Драться продолжал только Кучум. Это была уже, по сути, партизанщина, отчаянная и злобная. Поймать хана не удавалось, от любых, самых почетных условий сдачи он отказывался. Лишь после разгрома 20 августа 1598 года впервые не угадавший засады Кучум, потеряв почти всю дружины, свиту и семью, отрекся (формально «по состоянию здоровья») от титула в пользу Али, посоветовав ему искать помощи в Бухаре, а сам с крошечным отрядом загулял по лесам, пытаясь осесть хоть где-то. Безуспешно. Упрямого старика, при малейшей возможности гадившего русским, выгоняли и бывшие подданные, и ранее дружественные ногайцы, не говоря уж о старых недругах-казахах. Хорошо зная, насколько тяжелой может быть рука Годунова, связываться с Москвой степняки не хотели, – и, в конце концов, в начале 1601 года потомок Чингиса был убит старым ногайским побратимом, зарезавшим его с пояснением: «Если русские узнают, что ты с нами зимуешь, они и тебе, и нам лихо сотворят, а так всем хорошо будет».