Во главе этой воинствующей организации стоял Великий магистр, который командовал войском. Он выбирался пожизненно из числа влиятельных рыцарей. Положение магистра выделялось тем, что ему полагались четыре лошади и оруженосец, который обязательно был знатного происхождения. Для ведения орденских дел магистр был наделен неограниченной властью, лишь только в некоторых случаях подчиняясь Совету общего собрания-капитула братьев-рыцарей. Основным местом жительства магистра был Рижский замок, но во время смуты он переезжал в Цесис (Венден).

При магистре находился духовный капеллан, который исполнял обязанности секретаря и хранил печать ордена.

Высокое положение занимали казначей и драпир, ведавший орденским вооружением и снаряжением.

Помощником магистра был Великий комтур ордена (Кулдигский комтур), у которого было право в чрезвычайных ситуациях замещать своего непосредственного начальника. Ландмаршал исполнял функции главнокомандующего всеми вооруженными силами ордена, его главной резиденцией был Сигулдский замок.

Кроме них в ордене были два «провинциальных магистра», или «провинциальных комтура, которые жили соответственно в Цесисе и Сигулде. Комтур (на латинском языке – commendator, на немецком – Komtur, Kommentur) был управляющим округом (комтурией). Он жил в центральном замке комтурии и подчинялся только магистру ордена. В его обязанности входило руководство рыцарями и войском вассалов во время боевых действий, выполнять указы магистра, заботиться об укреплении и обороне замков на территории комтурии.

В провинциальных замках и окружавших их территориях суд и управление сосредотачивались в руках командоров, или фогтов. Фогт – на латинском языке – advocatus, на немецком – vogt, voit. В его обязанности входило управление орденскими хозяйственными имениями. Он также был судья, полицейский, финансист и военный начальник на своей территории. Первоначально значился по должности ниже комтура, но постепенно эта разница исчезла, комтуры и фогты стали равноправными властителями на своих территориях.

Управлением и судом в завоеванных землях Эстонии и Латвии ведали провинциальные орденские магистры-командоры, фогты и попечители замков. Все рыцари, жившие в одном орденском замке, составляли конвент во главе с попечителем. Частные и генеральные собрания братьев конвента назывались капитулами.

Первоначально орден получал 1/3 завоеванных территорий, а епископ 2/3.

Однако меченосцы полагали, что с увеличением числа людей (в первую очередь орденской братии) надлежит также приумножаться их имуществу и собственности, поэтому треть свою они требовали у епископа исправно и неотступно изо дня в день. По мнению Ф. Беннингховена, до 1210 года в ордене было всего 10 братьев-рыцарей, а в период его расцвета количество их доходило всего лишь до 110–120 человек.

По договоренности 1207 года, 2/3 захваченных земель оставалось под властью ордена, остальная часть передавалась епископам Рижскому, Эзельскому, Дерптскому и Курляндскому. Так сказать – за кровь и риск.

К 1207 г. немцы считали подчиненными своей власти земли ливов в низовьях Гауи, и при этом орден развивался и расширялся довольно неплохими темпами. Может, поэтому в том же году между епископом-основателем и меченосцами возникли ожесточенные раздоры из-за полученных территорий. Появилась трещина в отношениях, возникло взаимное отчуждение. Этого не скрывают и хроники. Меченосцы, почуяв силу, хотели избавиться от любой опеки, в том числе и от того, кто сделал все для основания их ордена. Но поскольку епископ уже сделал свое дело, теперь он был рыцарям в тягость.