Дело Шейнина тянулось два года – другие, даже гораздо более сложные, заканчивались гораздо быстрее. Допросы перемежались очными ставками, дело пухло и к концу насчитывало уже семь солидных томов. Семь старших следователей МГБ по особо важным делам принимали в нем участие. Шейнину пришлось выдержать около 250 допросов, в основном ночных, во время которых его шантажировали, оскорбляли, грозили побоями. За «провинности» лишали прогулок, книг, передач. Больше года ему пришлось пробыть в одиночке, шесть дней его продержали закованным в наручники. К концу следствия, по его словам, запас «нравственных и физических сил был исчерпан».
В первый год ведения дела усиленно раскручивался так называемый еврейский заговор. Шейнин тогда «выдал» всех и вся. Эренбург, братья Тур, Штейн, Крон, Ромм, Б. Ефимов, Н. Рыбак – все они якобы вели с ним «националистические» беседы. Вот типичный образчик стиля его показаний: «Эренбург – это человек, который повлиял, может быть в решающей степени, на формирование у меня националистических взглядов». Он обвинял Эренбурга в разговорах о том, что «в СССР миазмы антисемитизма дают обильные всходы и что партийные и советские органы не только не ведут с этим должную борьбу, но, напротив, в ряде случаев сами насаждают антисемитизм», что советская пресса замалчивает храброе поведение евреев во время Великой Отечественной войны, что к евреям отношение настороженное и т. д.
Задачей следователей было расширить круг подозреваемых «еврейских националистов», поэтому от Шейнина требовали показаний даже на Утесова, Блантера, Дунаевского, Шостаковича. В своем письме министру госбезопасности Игнатьеву Шейнин писал: «Следователь пошел по линии тенденциозного подбора всяческих, зачастую просто нелепых данных, большая часть которых была состряпана в период ежовщины, когда на меня враги народа… завели разработку, стремясь меня посадить как наиболее близкого человека А. Я. Вышинского, за которым они охотились». Другое письмо он отправил на имя Л. П. Берии: «…Вымогали также от меня показания на А. Я. Вышинского».
Впрочем, Шейнин и сам «топил» многих своих сослуживцев. Когда следователь спросил, все ли он рассказал о своей «вражеской» работе против Советского государства, он заявил: «Нет, не все. Мне нужно еще дополнить свои показания в отношении преступной связи с работниками Прокуратуры СССР Альтшуллером и Рагинским». Называл он и других людей, например прокурора Дорона, профессоров Швейцера, Шифмана, Трайнина.
Безусловно, прессинг он испытывал сильный – и физический, и психологический. Но даже запрещенными приемами следствия нельзя объяснить изощренное смакование им подробностей личной жизни своих знакомых, приведенных в многостраничных протоколах, – вплоть до предметов женского туалета, оставленных в кабинете начальника после визита некоей дамы. Жизнь своих соавторов братьев Тур он тоже «живописал» весьма подробно. Конечно, следователей очень занимала вся эта «клубничка», но все же они больше интересовались наличием предполагаемого «подполья» в еврейской среде. Через год «еврейский вопрос», видимо, перестал волновать следователей и они взялись за шпионскую версию. В протоколах появились вопросы о его связи с «загранкой», но здесь Шейнин был непоколебим – свою вину в шпионаже и измене Родине отрицал начисто. Шейнин не возлагал надежд на то, что Прокуратура СССР поможет ему вырваться из тюрьмы. Поэтому он пошел путем, казавшимся ему наиболее эффективным, – стал писать заявления лично первым лицам государства: Сталину, Берии, Игнатьеву, Поскребышеву и другим. В письме Сталину, написанном в июле 1952 года, Шейнин сообщал: