В 1822 году Михаил Александрович, женившись на своей дальней родственнице Наталье Дмитриевне Апухтиной, вышел в отставку и поселился у себя в имении. Новое направление тайных обществ его не привлекало, хотя он по-прежнему продолжал считать себя членом «Союза благоденствия». Осенью 1825-го возобновились его контакты с тайным обществом; он присутствовал на московском совещании, где обсуждалось намерение А. И. Якубовича убить царя. Фонвизин отнесся к этому замыслу резко негативно и, как показывал Н. М. Муравьев на следствии, готов был даже выдать его правительству, если бы поверил в его серьезность. Все московские декабристы с напряженным вниманием следили за событиями, вызванными кончиной Александра I. Когда восстание на Сенатской площади потерпело поражение и до Москвы дошли известия об этом, они еще на что-то рассчитывали, какое-то время им казалось, что не все потеряно. Как и многим членам тайных обществ, внезапная смерть царя представлялась Фонвизину благоприятным моментом для смены государственного строя, и это тревожное время они переживали вместе.

Его арестовали позже других. 30 декабря у следствия собралось достаточно доказательств о принадлежности Фонвизина к тайному обществу, но только 3 января было принято решение об аресте. Верховный уголовный суд так ничего и не смог инкриминировать обвиняемому, кроме того, что в его присутствии велись разговоры о цареубийстве, которое он никогда не одобрял. Но и этого оказалось достаточно, чтобы приговорить его к двенадцати годам каторги; позже срок сократили до восьми лет. Наталья Дмитриевна, оставив двоих детей матери, весной 1828 года приехала к мужу в Сибирь. По окончании каторги Фонвизины сначала были поселены в Енисейске, в 1835 году переведены в Красноярск и, наконец, в 1838-м осели в Тобольске, где провели пятнадцать лет. Здесь жизнь супругов, претерпевших немало трудностей и испытаний, вошла в нормальное русло. К неугасаемому чувству, которое их связывало, добавились материальный достаток, семейный очаг и т.д. В этот период, наполненный напряженной интеллектуальной работой, Михаил Александрович сформировался как политический и социальный мыслитель, публицист и историк. В его сибирских произведениях отчетливо противопоставляются две смысловые парадигмы: политическая и социальная. В рамках каждой из них одни и те же вопросы нередко имеют различное решение; в первую очередь это касается основной для декабриста, как и для многих отечественных мыслителей, проблемы «Россия и Запад».

В кругу политических сочинений Фонвизина главное место занимает «Обозрение проявлений политической жизни России», написанное на рубеже 1840–1850-х годов: «Много обдумывал я события, которые здесь представил». По жанру это сложный сплав исторического исследования, публицистического трактата и мемуаров. Внешним толчком к созданию «Обозрения» послужила «Философская и политическая история России» французов Эно и Шеншо. В основу их произведения, не имеющего самостоятельного научного значения и написанного не знающими русского языка авторами, легла «История России» Левека и французский перевод «Истории государства Российского» Карамзина. Вероятно, оно оживило в памяти Фонвизина старые споры декабристов вокруг карамзинской концепции русской истории: не случайно практически все «Обозрение» посвящено полемике с запиской Карамзина «О древней и новой России в ее политическом и гражданском отношениях». Главная идея записки, как известно, заключается в утверждении самодержавия как спасительной силы российской истории: «Россия основалась победами и единоначалием, гибла от разновластия, а спасалась мудрым самодержавием». В «Истории государства Российского» и в цитируемой записке Карамзин исходит из того, что Древняя Русь со своими исторически сложившимися институтами «мудрого самодержавия» была вполне европейской страной и при этом отличалась большей самобытностью, чем вся послепетровская Россия – подражательная и мало похожая на европейское государство. Сохраняя в целом это противопоставление Древней Руси как европейского государства и новой России как идущей по ошибочному пути политического развития, Фонвизин насыщает его иным содержанием.