В 1822 году М. С. Лунин возвращается на военную службу. Это решение он сам прокомментировал на следствии: «Я действовал, по-видимому, сообразно правилам Тайного общества, но сокровенная моя в том цель была отдалиться и прекратить мои с тайным обществом сношения». Лунин определился в Польский уланский полк, дислоцирующийся в Слуцке. И прослужил там до мая 1824 года, когда был переведен в Варшаву с назначением командиром эскадрона Гродненского гусарского полка. В Варшаве его и арестовали 9 апреля 1826 года. Суд вынес Лунину приговор по второму разряду: пятнадцать лет каторги. Впоследствии срок сократили до десяти лет.

Как глубокий и оригинальный мыслитель М. С. Лунин проявился в полной мере лишь в Сибири. Во многом его сибирские сочинения стали итогом внутренних размышлений, начавшихся в Париже и продолжавшихся на протяжении последующих лет. Как и в молодости, он исходит из идеи единства мировой цивилизации и считает, что «истины не изобретаются, но передаются от одного народа к другому, как величественное свидетельство их общего происхождения и общей судьбы». Однако теперь романтическое бунтарство молодости отступает перед трезвым анализом правительственного курса: «Я не участвовал ни в мятежах, свойственных толпе, ни в заговорах, приличных рабам. Единственное оружие мое – мысль, то в ладу, то в несогласии с движением правительственным, смотря по тому, как находит она созвучия, ей отвечающие», – пишет он в одном из сибирских писем.

«Испанское» понимание свободы сменяется английским правовым сознанием. Не вооруженная борьба за свободу, а последовательное отстаивание прав человека с опорой на существующее законодательство и его постепенное усовершенствование становятся основой новой политической программы Лунина. Не признавая за Россией особенного пути развития и в то же время осознавая ее правовую отсталость от европейских стран, он не без иронии переводит английские политические понятия на язык российской действительности: «Теперь в официальных бумагах называют меня: государственный преступник, находящийся на поселении… В Англии сказали бы: Лунин, член оппозиции». Различие между Россией и Англией соответствует различию между положением сибирского узника и члена британского парламента. Однако из того, что английские оппозиционеры заседают в парламенте, а русские томятся в Сибири, еще не следует, что о последних нельзя рассуждать в системе английской правовой мысли.

«В английской печати, – пишет академик М. П. Алексеев, – декабристов в то время чаще всего изображали как просвещенных офицеров из дворян, воодушевленных идеями западного конституционализма. В стране, достигшей более высокой ступени политической зрелости, полагали английские публицисты, выступление декабристов носило бы характер не вооруженного восстания, но скорее парламентской петиции или обращения к монарху». Именно в таком духе М. С. Лунин пытается представить декабризм европейской общественности. Он много говорит о законности и закономерности появления тайных обществ в России и незаконности суда над их членами. При этом свой «Разбор донесения Тайной следственной комиссии государю императору в 1826 году» пишет на русском, французском и английском языках и просит сестру доставить текст за границу Н. И. Тургеневу для публикации, явно рассчитывая на поддержку европейского общественного мнения. В расчете на помощь Тургенева Лунин декларирует общность его взглядов на декабризм со своими. Как и Тургенев, он связывает возникновение тайных обществ в России с либеральными намерениями Александра I: «Право Союза опиралось также на обетах власти, которой гласное изъявление имеет силу закона в самодержавном правлении. „Я намерен даровать благотворное конституционное правление всем народам, провидением мне вверенным“ (Речь императора Александра на Варшавском сейме 1818 года). Это изречение вождя народного, провозглашенное во услышание Европы, придает законность трудам Тайного союза и утверждает его право на незыблемом основании».