В 1789 году Н. И. Новиков не смог продлить аренду университетской типографии, а в 1791-м вынужден был полностью прекратить работу Типографической компании. В апреле 1792 года против Новикова и других масонов началось следствие, которое закончилось обвинением в «гнусном расколе», корыстных обманах, сношениях с герцогом Брауншвейгским и другими иностранцами. 1 августа 1792 года императрица подписала указ о заключении Новикова в Шлиссельбургскую крепость на пятнадцать лет. Он содержался в нижнем этаже тюрьмы, в камере № 9, вместе со слугой и врачом. А в 1796 году, уже при Павле I, был освобожден. Как писал потом Н. М. Карамзин, «император Павел в самый первый день своего восшествия на престол освободил Новикова, сидевшего около четырех лет в душной темнице; призывал его к себе в кабинет, обещал ему свою милость, как невинному страдальцу, и приказал возвратить конфискованное имение… несожженные книги».

Формально с Новикова были сняты все обвинения, однако разрешения продолжать издательское дело он не получил. Разоренный и больной, он провел последние годы жизни в Тихвинском-Авдотьине, лишь изредка посещая Москву. В 1805 году Николай Иванович пытался вернуться к книгоиздательской деятельности и вновь взять в аренду Московскую университетскую типографию, но это ему не удалось. После этого к общественной жизни он уже не возвращался и основал в своем селе суконную фабрику, заняв деньги в Опекунском совете с обещанием «пособия и подкрепления со стороны правительства». Правда, дела шли не очень успешно, и Новиков постоянно нуждался. Несмотря на все свалившиеся на него невзгоды, он вел активную переписку (с А. Ф. Лабзиным, Д. П. Руничем и др.), с его мнением продолжали считаться. Карамзин, например, отправил в подарок Новикову свои сочинения, с просьбой высказать о них свое мнение.

Общественно-политическая и издательская деятельность Н. И. Новикова оказала большое влияние на общественное мнение России конца XVIII – начала XIX века. Так, его журнал «Живописец», пользуясь большой популярностью у читателей, выдержал пять переизданий. Даже князь А. А. Прозоровский, который курировал следственное дело Новикова как московский генерал-губернатор, написал о нем в письме: «лукав до бесконечности, бессовестен и смел, и дерзок». В. О. Ключевский так объяснял популярность этого общественного деятеля: он думал, что «удобнее кроить платье по плечу, чем выламывать плечо под платье», как порой предлагала верховная власть. А В. Г. Белинский, оценивая вклад Новикова в развитие культуры и образования в России, писал: «Этот человек, столь мало у нас известный и оцененный (по причине почти совершенного отсутствия публичности), имел сильное влияние на движение русской литературы и, следовательно, русской образованности… Благородная натура этого человека постоянно одушевлялась высокою гражданскою страстью – развивать свет образования в своем Отечестве».

Граф А. Р. Воронцов (1741–1805) – один из крупных государственных деятелей Российской империи рубежа XVIII–XIX веков, оставивших значительный след в истории модернизации страны. Дипломат, меценат, собиратель редких рукописей, художественных и исторических ценностей, он слыл известным «вольтерьянцем». Его усилиями собрана богатейшая Вольтеровская библиотека. Воронцов был почитателем, корреспондентом и русским переводчиком Вольтера: в «Автобиографии», написанной в 1805 году, в самом конце жизни, он поделился мыслями о причинах своего увлечения и о важности распространения идей французского философа в русском образованном обществе.