Не чувствуя в себе призвания к государственной службе вообще, в 1773 году Николай Иванович вышел в отставку в чине поручика. «Всякая служба, – писал он позднее, – не сходна с моей склонностью… военная – кажется угнетающей человечество… приказная – надлежит знать все пронырства… придворная – надлежит знать все притворства». В течение ряда последующих лет он занимался изданием сатирических журналов: «Трутень» (с 5 мая 1769 года по 27 апреля 1770-го), «Пустомеля» (1770), «Живописец» (1772–1773) и «Кошелек» (с 8 июля по 2 сентября 1774 года). Главную задачу журналистики Новиков видел в том, чтобы давать «сатиру на лицо», то есть указывать на конкретного носителя зла: «Меня никто не уверит в том, чтобы Молиеров Гарпагон писан был на общий порок. Всякая критика, писанная на лицо, по прошествии многих лет обращается в критику на общий порок».

На создание «Трутня» Н. И. Новикова отчасти вдохновил официальный журнал «Всякая всячина», где впервые в печати прозвучало моральное осуждение жестокого обращения с крепостными. Одной из главных тем нового издания стала проблема чиновничьего и судебного произвола. Был затронут также очень важный и щекотливый вопрос о превращении крепостного права в систему личного рабства; трутень – это крепостник-помещик. Эпиграфом для своего детища Николай Иванович избрал фразу из притчи Сумарокова: «Они работают, а вы их труд ядите».

Естественно, острая сатира «Трутня» не шла ни в какое сравнение с легкой иронией екатерининских журналов, поэтому вскоре он был закрыт. Однако Новиков не собирался расставаться с журналистикой. В июне 1770 года он, теперь через подставное лицо, фон Фока, начинает ежемесячное издание под нейтральным названием «Пустомеля». Хотя в нем должны были печататься произведения не только критического, но и положительного характера, все-таки два номера оказались слишком острыми. В одном из них были помещены две смелые театральные рецензии, в другом – «перевод с китайского А. Л. Леонтьева… Завещание Юнджена, китайского хана, к его сыну». В этой статье говорилось о долге и обязанностях государя и вельможи перед народом «в Китае»…

Свой следующий журнал – «Живописец» – Новиков посвятил Екатерине II («неизвестному» сочинителю комедии «О, время!»). Первоначально в нем высмеивались Наркис Худовоспитанник, Кривосуд, Молокосос, Волокита и др. Появились даже несколько статей самой Екатерины. Но от номера к номеру издание приобретало все более выраженную антикрепостническую направленность («Отрывок путешествия в*** И*** Т***», «Письма к Фалалею»). Правда, кроме чисто сатирических статей «Живописец» помещал также материалы о событиях в России и за рубежом: вероятно, Новиков получал их благодаря своим связям с Коллегией иностранных дел. Так, на его страницах были опубликованы письма Доминика Диодати о «Наказе» Екатерины II (1771) и Самуила Миславского к Е. А. Щербинину о заведении типографии в Харькове; перепечатано «Слово» Д. И. Фонвизина на выздоровление великого князя Павла Петровича и др. С журналом сотрудничали Е. Р. Дашкова, П. С. Потемкин, В. Г. Рубан. Однако из-за начавшейся войны с восстанием Пугачева и это издание было закрыто.

Н. И. Новиков нашел новое применение своим талантам. Он приступает, да к тому же при финансовой поддержке императрицы, к изданию ежемесячной (в течение 1773–1775 годов) «Древней российской вивлиофики». Это первый периодический источниковедческий журнал, где публикуются княжеские грамоты и договоры XIV–XVI веков, дипломатическая переписка и т.п. Самый древний документ, попавший в «Вивлиофику», – Устав князя Владимира Святославича «О церковных судах, и о десятинах, и о церковных людях». Материалы издатель получал из Московского архива коллегии иностранных дел, находил рукописные памятники в библиотеках: Академии наук, Патриаршей, Успенского собора в Москве, Киево-Печерской лавры. Разумеется, проделать такую работу в одиночку невозможно. С Новиковым сотрудничали М. М. Щербатов, Г. Ф. Миллер, Н. Н. Бантыш-Каменский, текстолог и библиограф Дамаскин (Д. Е. Семенов-Руднев), а также владельцы личных библиотек.