В зрелые годы, уже будучи профессором, он по выходным дням собирал обычно товарищей на загородные походы. «С большой благодарностью, – отмечает в своих записях врач Никольский, – вспоминаю я экскурсии, которые устраивал Александр Андреевич по воскресным дням в окрестностях Москвы; здесь с прогулкой соединялись и научные беседы; Александр Андреевич создавал всегда бодрое, приподнятое настроение и давал нам отличную зарядку на целую неделю».

Поэтому неслучайно работа в детской клинике Военно-медицинской академии у первого профессора педиатрии в России Н. И. Быстрова пришлась ему по сердцу, и сближение с Н. П. Гундобиным, видным преподавателем педиатрии, определили дальнейший путь научно-врачебной деятельности Александра Андреевича Киселя. С 1890 г. он после защиты диссертации и до конца своей жизни – 48 лет проработал в Ольгинской детской больнице (впоследствии Первая детская туберкулезная), которую сделал образцовой по постановке лечебного дела и научной работы. Здесь был создан новый научный центр, куда стекались молодые врачи-педиатры, это был еще и организационно-методический центр, который разрабатывал и выпускал материалы по лечению и предупреждению туберкулеза у детей. В Ольгинской больнице А. А. Кисель разработал и сформировал основные принципы своего клинического учения.

«Нужно прежде всего знать, – писал он, – хорошо знать, как протекают болезни, т. е. надо прежде всего хорошо знать естественное течение болезней. Мы должны изучить законы течения болезней, только тогда мы сможем научиться изменять их в благоприятную для больного сторону…

Чтобы овладеть патологическим процессом, получить возможность воздействовать на него, руководить его течением и в конечном счете преодолеть и ликвидировать, нужно прежде всего познать его подлинную природу».

В течение болезни у каждого больного имеются «свои индивидуальные особенности, иногда весьма значительные». А. А. Кисель подчеркивал, что лечить надо не болезнь, а больного, – положение, восходящее к заветам лучших отечественных клиницистов: М. Я. Мудрова, С. П. Боткина, Г. А. Захарьина. «Множество внешних условий, – отмечал не раз А. А. Кисель, – профессиональных и бытовых, вносят свои изменения в течение болезни».

При лечении детей он обращал внимание на то, как протекает заболевание, сделал вывод, что «изучение течения легких заболеваний имеет большое научное значение. Тяжелые случаи – это результат наслоения на естественное течение болезни дополнительных неблагоприятных, осложняющих факторов». По его мнению, необходимо обращать самое пристальное внимание на малозаметные, скрытые формы заболеваний, чтобы вовремя принять меры. Так, при хронических заболеваниях – малярии, ревматизме, туберкулезе бывают межприступные периоды.

«Вместе взятые межприступные периоды занимают очень много времени, и поэтому количество наносимого организму в это время вреда очень велико. Есть полное основание думать, что главный вред, который получает организм при хронических болезнях, следует отнести в первую очередь на межприступные периоды».

На вопрос, когда по преимуществу следует проводить лечение хронических болезней – во время приступов или вне их, А. А. Кисель отвечал: «Во время приступа болезни возбудитель оживляется, и в это время он может быть даже менее доступен для терапевтического воздействия. В течение межприступных периодов возбудитель болезни слабеет в своей активности; в это время и следует главным образом принимать лечебные меры».

Лечение, по мнению А. А. Киселя, должно основываться на собственных силах организма, которые нужно поддерживать и направлять в нужную сторону. Поэтому главное внимание врача должно быть направлено в сторону усиления естественных защитных сил детского организма, в сторону всемерного и всестороннего их укрепления. Это касается как отдельного ребенка, так и всего детского населения страны в целом. «Надо добиваться улучшения условий жизни, нормального режима, надо давать детям много воздуха, солнца, и тогда им будут не страшны никакие болезни».