Московская элита не могла принять образ жизни и «кадровую политику» царя. И царь окружил себя новой элитой – опричниками. Формально он отрекся от престола, но боярская дума не рискнула принять эту отставку и наделила царя чрезвычайными полномочиями. Использовались эти полномочия для беспощадного террора.

Лишились голов князь А. Б. Горбатый, герой казанского взятия, его 15-летний сын и тесть – окольничий П. П. Головин. Обезглавлен ранее разжалованный боярин князь С. В. Ростовский. Князь Дмитрий Шевырев посажен на кол, а князь Иван Кашин обезглавлен. Опричнина началась на рубеже 1564 и 1565 гг., а уже весной 1566 г. царь объявил о прощении «опальных». Как будто головы можно было приставить обратно!

Царь поставил митрополитом игумена Соловецкого монастыря Филиппа (в миру Федора Степановича Колычева).

В 1566 г. работал Земский собор. В то же время 300 челобитчиков, обратившихся к царю с жалобой на опричников, наказали, а троих – князя В. Пронского, И. Карамышева, К. Бундова (участники Собора) казнили.

Царь продолжал укреплять опричный корпус и следить за врагами. Один из родственников княгини Ефросиньи боярин П. М. Щенятев ушел в монастырь, но его оттуда забрали и заживо поджарили на большой железной сковороде.

В ходе расследования дела о заговоре Владимира Старицкого (1567—1570) опричники казнили 3200 человек. В 1569 г. Владимир Андреевич Старицкий был казнен вместе с женой и младшими детьми (два сына и две дочери); одновременно умертвили и его мать. Митрополит Филипп пытался увещевать царя. Бояр, входивших в свиту митрополита, забили насмерть железными палицами, водя их по улицам Москвы. Ближних людей конюшего Челяднина под личным руководством И. Грозного посекли саблями, а слуг и домочадцев согнали в сарай и взорвали с помощью пороха: погибло около 80 человек. 11 сентября 1568 г. были казнены старший боярин думы И. П. Челяднин-Федоров, окольничие М. И. Колычев и M. M. Лыков, боярин князь А. И. Катырев-Ростовский. С Челядниным погибло до 150 дворян и приказных людей и вдвое большее число слуг и холопов. Как бы мимоходом убили троих Хохолковых, Ф. И. Троекурова, Д. В. Ушатова и Д. Ю. Сицкого. Царь не просто убивал. Он наслаждался и актерствовал. Конюшего И. П. Челяднина (высший чин в государстве того времени) одели в царские одежды и заставили сесть на трон. После язвительной речи царя опричники убили конюшего, выволокли труп из дворца и бросили в навозную кучу.

В большинстве случаев никакого суда не было, смертные приговоры царь выносил заочно после тайного следствия. Людей убивали дома или на улице, оставляя краткую записку на трупе. Митрополиту Филиппу сначала прислали в кожаном мешке голову окольничего М. И. Колычева, его троюродного брата.

Ливонская война разоряла дворян и их крестьян. В 1568 и 1569 гг. были неурожаи, и к 1570 г. цены на хлеб поднялись в 5-10 раз. Началась чума, к осени 1570 г. охватившая 28 городов. От голода и эпидемии гибли сотни тысяч. Тысячи русских людей уводили в полон крымские татары.

Царь со своей бандой укрылся в Александровой слободе, превращенной в крепость. В начале 1569 г. крепость Изборск была сдана литовцам предателем, за что казнили непричастных к этому приказных людей, дьяков ряда приграничных городов. Из Пскова выселили 500 семей и 150 семей из Новгорода. Вскоре царь закончил «дело» своего двоюродного брата Владимира Андреевича Старицкого: