Достаточно оригинально организована молодежная работа: ею занимаются два епархиальных отдела – епархиальный молодежный отдел (возглавляемый протоиереем Г. Чибиревым) ориентирован на социальное служение, изучение вероучения и культурную деятельность, а епархиальный отдел военно-патриотического воспитания и спорта (возглавляемый протоиереем В. Ивановым) привлекает православную молодежь, занимающуюся военной подготовкой и спортом. Во время лесных пожаров 2010 г. епархия сумела организовать существенную помощь погорельцам. В последнее время разнообразная регулярная помощь оказывается родильным домам, детским больницам, детским домам. Монастыри Башкирии отличаются социальной направленностью, все они имеют благотворительную ориентацию. При двух монастырях – Пророко-Ильинском мужском монастыре и женском монастыре в честь Святых Царственных Страстотерпцев в селе Андреевка Аур-газинского района существуют детские приюты (в 2011 г. в каждом из них было по 12 детей).

Сама концепция миссионерства в политике епархии постоянно колеблется между двумя принципами: борьбой с инаковерующими и проповедью православия в разных слоях общества, укреплением сознательной веры среди уже имеющихся прихожан. Во второй половине нулевых годов миссионерский отдел епархии возглавлял священник Максим Степаненко – известный на всю Россию «сектоборец». В это время смысл миссионерства для епархии в основном заключался в том, чтобы всячески вредить протестантам. Приход к управлению церковью патриарха Кирилла, а Республикой Башкортостан – президента Хамитова ознаменовался изменением характера миссионерской политики епархии. Отец Максим покинул Башкирию и возглавил миссионерский отдел Томской епархии. Во главе миссионерского отдела встал мирянин В. Розенфельд, а его помощницей стала также мирянка М. Ларионова. Епархия была разделена на пять регионов. Центром каждого миссионерского региона является миссионерский стан, представляющий собой крупный приход, имеющий сплоченную общину и развитые церковные служения – молодежное, катехизаторское (в частности, в епархии принята длительная подготовка к крещению), культурное и т.д. Возглавляет стан авторитетный священник. Миссионерские станы становятся центрами разных форм внутренней и внешней церковной активности. Миссионерский отдел в этой ситуации – центр организации, координации и информирования. Миссионерский отдел организует также комплексные экспедиции по труднодоступным глухим районам, в частности по реке Аю. Тем не менее руководители отдела признают, что миссионерская работа, да и вообще православная проповедь, достигает только горожан, в первую очередь интеллигенции, в то время как многочисленное в республике сельское население мало затронуто церковной проповедью.

Особенностью церковной политики Никона можно считать тот факт, что Никон придает большое значение культурной деятельности епархии, диалогу с творческой интеллигенцией. Владыка присутствует на творческих вечерах, освящает художественные выставки. При епархии существует специальный Отдел по культуре, организующий различные культурные мероприятия, базовая площадка его находится в Аксаковском музее. Одно из основных направление деятельности миссионерского отдела епархии – культурное. Совместно с республиканской библиотекой и филармонией проводятся концерты, вечера, дни православной книги и т.д. Летом организуются культурно-исторические краеведческие лагеря.

В новых условиях при президенте Р. Хамитове наиболее яркой фигурой клира в епархии стал протоиерей Роман Хабибуллин, настоятель Крестовоздвиженского храма в Уфе. Отец Роман был активным священником с середины 1990-х годов, но только после смены башкирского президента он смог проявить свои таланты в полной мере. Отец Роман ведет значительную просветительскую, научную и благотворительную деятельность, в частности в 2001 г. он создал при приходе приют для бомжей. В приюте они не только получают кров, питание, медицинскую помощь, но и социальную реабилитацию. Группа успешно прошедших реабилитацию бомжей создала братство-артель резчиков по дереву. Отец Роман занимается также просветительской деятельностью в рамках Детского православного творческого центра, где преподаются литература, музыка, краеведение и изобразительное искусство. Он сам разрабатывает воспитательные и образовательные программы для детей, устраивает праздники в детских садах, а также организует досуг детей в каникулы при своем храме. При приходе отца Романа создано Религиозно-философское общество им. А.Ф. Лосева, издающее альманах «София» и имеющее тесные связи с московскими лосевцами. По инициативе и при непосредственном участии отца Романа студентам Медицинского университета читают курс лекций «Религиозная этика». Каждое занятие отец Роман и имам проводят совместно.