В 1992–1994 гг. ДУМ РБ на волне движений за суверенитет Башкортостана, а также башкирского национального возрождения и стремления очистить ислам от российско-советских влияний триумфально вытеснял ЦДУМР: повсюду общины ЦДУМР переходили под эгиду ДУМ РБ, ДУМ РБ в эти годы пользовалось поддержкой властей и общественности. Но постепенно ситуация начала меняться.

Т. Таджуддин в критической для ЦДУМР ситуации сумел мобилизовать в свою поддержку трудно совместимые источники сохранения своего влияния. Он сумел доказать властям Башкортостана свою лояльность и большую приемлемость, пугая их экстремизмом Аширова. Одновременно он укрепил связи с московскими властными структурами. Кроме того, он сумел доказать значительной части татарской общины Башкортостана, что он является в каком-то смысле ее этническим лидером, одновременно заигрывая с башкирской общиной. В 1995 г. Т. Таджуддин, в течение нескольких лет терявший влияние в среде башкир, пошел на децентрализацию ЦДУМР и, оставаясь верховным муфтием, создал региональный Башкирский муфтият с центром в г. Салават. Таджуддин надеялся, что этот шаг сможет ослабить связь башкирского национального движения с ДУМ РБ. Однако эта инициатива закончилась неудачей. Салаватский муфтий Рамиль Насыров не пользовался никаким авторитетом, все заинтересованные силы все равно обращались к Таджуддину и салаватский муфтият в 1997 г. был ликвидирован.

Во второй половине 1990-х годов ДУМ РБ начинает терять свои позиции. Одна из главных причин этого – радикализм Аширова. Его воинственная риторика стала пугать и власти, и общество. Проповедники и преподаватели из-за рубежа стали вызывать раздражение не только властей, но и местного населения. ДУМ РБ создавался как башкирское религиозное объединение, и когда проповедники, защищая чистоту ислама, осуждали местные религиозные обычаи и традиции, это вызывало резкий протест. Имели место случаи, когда местные жители собирались на митинги и требовали от властей выслать проповедников (что властями и исполнялось). В 1997 г. Аширов покинул Башкортостан, когда сумел инициировать создание Духовного управления мусульман азиатской части России (ДУМАЧР) и стать его муфтием. Заместителем муфтия на место Аширова был избран Аюб Бибарсов, среди родственников которого много влиятельных представителей исламского духовенства (его ближайшие родственники – муфтии Саратова и Пензы). С тех пор ДУМ РБ публично занимает более умеренные позиции. Под давлением властей его лидеры поддерживают официальные отношения с Т. Таджуддином и их риторика смягчилась, однако принципиальные идейные установки остались неизменными.

К 2000 г. между ДУМ РБ и ЦДУМР установился некий стабильный баланс сил. За ЦДУМР закрепилось около 40% мусульманских общин республики, за ДУМ РБ – около 60%, причем ДУМ РБ поддерживает в основном башкирское население. Тем не менее перестав обличать друг друга публично, эти два духовных управления продолжают подковёрную холодную войну. В частности, ЦДУМР обвиняет ДУМ РБ в продолжающихся тайных связях с ваххабитами (например, в связях с неким подпольным обществом «Ансар»), а ДУМ РБ обвиняет ЦДУМР в извращении истин ислама.

При этом важно заметить, что исламская религиозность в Башкирии очень слаба, слабее, чем в любом другом традиционно исламском регионе России. Ильдар Малахов, ректор Исламского института им. Марьям Султановой (главного медресе ДУМ РБ), самокритично заявил автору этих строк в ходе интервью (ноябрь 1999 г.): «Мечети не полупусты, а пусты; среди мусульман нет интеллигенции; а в медресе идут учиться те, кто никуда больше поступить не могут».