1994–1997 гг. стали временем кризиса, когда ни государство, ни общество уже не устраивали прежние форма и модель политики в отношении религиозных объединений. Пришло понимание того, что любая свобода (будь то свобода совести, свобода убеждений) есть специфическое интимное состояние любого человека, связанное с внутренней свободой его воли. И как таковое оно находится вне сферы правового регулирования. А любая общественная деятельность, включая и осуществляемую по религиозным мотивам, обязательно подлежит тому или иному правовому регулированию, в том числе при необходимости она может быть ограничена и даже запрещена.

С середины 1990-х годов государство встало на путь ужесточения религиозного законодательства, и в 1997 г. был принят новый закон о свободе совести, что положило начало новому этапу формирования российской политики в сфере свободы совести. Закон сдвинулся в сторону формы «культурного сотрудничества», или кооперационной модели. На практике государство начало осуществлять приоритетное сотрудничество с традиционными для России религиозными объединениями – православными, мусульманскими, иудаистскими и буддистскими – и стало проводить протекционистскую политику по отношению к ним. Но при этом наметился крен в сторону возрождения элементов вероисповедной политики, свойственной «конфессиональному государству» периода дореволюционной России.

С конца 1990-х годов в российской государственной политике проявляется заметная унитаристская тенденция, в результате чего как центральная, так и региональная власть все более активно включается в регулирование религиозной жизни. Факт отделения духовных институтов верующих от государства зачастую является декларацией. Как показывает практика, роль государственных органов в жизни религиозных общин весьма значима. Не изжиты методы регулирования деятельности религиозных организаций с помощью привлечения административного ресурса.

Таким образом, в государственно-конфессиональных отношениях существует противоречие между отделительной моделью государственной религиозной политики, зафиксированной в законодательстве, и фактически реализуемой кооперационной моделью. Данное противоречие накладывает отпечаток на все сферы отношения государства и религиозных организаций, особенно на те, в которых сложилось тесное сотрудничество, – социальную, культурную, образовательную и др. Так, например, неоднозначно идет процесс воссоздания военного духовенства в Вооруженных силах нашей страны. Продолжаются дискуссии по поводу целесообразности введения религиозного компонента в учебный процесс в светских государственных и муниципальных образовательных учреждениях.

Актуальными проблемами остаются вопросы разработки и принятия концепции государственно-конфессиональных отношений, создания единого органа в области государственно-конфессиональных отношений в целях упорядочения и координации сотрудничества всех государственных ведомств, имеющих отношение к религиозным организациям. Политика на федеральном, региональном и муниципальном уровнях, а также в различных субъектах нашей страны осуществляется с учетом сложившейся этноконфессиональной ситуации. В то же время она часто отличается и осуществляется в меру компетентности тех или иных госслужащих в вопросах религии и государственно-конфессиональных отношений. Тем не менее можно согласиться с мнением, что современной России ближе кооперационная модель государственно-конфессиональных отношений, которая предполагает отношения приоритетного государственного партнерства с традиционными для российской цивилизации вероисповеданиями в условиях полноценной реализации конституционных принципов свободы совести и вероисповедания для всех религиозных объединений, не несущих угрозу государственному суверенитету, территориальной целостности, общественному порядку и безопасности [Вера. Этнос… 2009: 144].