Брачный выбор Самодержца был одобрен и царским духовником с 1666 года Андреем Савиновым (Постниковым), настоятелем храма Георгия Неокесарийского в Дербицах. Алексей Михайлович чрезвычайно ценил и любил «отца Андрея». По наблюдению Якова Рейтенфельса, Алексей Михайлович «никогда не разлучается со своим духовником». Именно в этом храме и состоялось венчание Царя и Натальи Кирилловны; существует предположение, что в этом же храме и был крещён их первенец – Пётр Алексеевич.

Свадьба состоялась 22 января 1671 года. Самодержец не хотел придавать своему второму браку характер помпезного государственного торжества, и вся свадебная церемония была обставлена довольно скромно.

Милославские, в первую очередь три здравствовавшие взрослые царские дочери от первого брака – Марфа, София, Екатерина, невзлюбили Наталью Нарышкину с первого момента, как только узнали об отцовской симпатии. Не имел расположения к Нарышкиным тогда Митрополит Новгородский и будущий Патриарх (1674–1690) Иоаким, который, став Первосвятителем, просто возненавидел царского духовника, который «был слишком хорош» с Нарышкиными и «сочувствовал» низложенному Патриарху Никону. Когда Алексей Михайлович скончался, то вскоре Андрей Савинов по настоянию Иоакима был арестован и выслан из Москвы в дальний Кожеозеркий монастырь, тот самый, где в молодости подвизался Патриарх Никон…

Матвеев не ошибся, предрекая наветы, клевету и наговоры на него и его семью. Как же так: Царь выбрал себе в жены не знатную боярышню, а какую-то Нарышкину, у которой за душой и гроша-то ломаного не было! Но Алексей Михайлович, всё прекрасно понимая, не желал строить семейную жизнь с чужого голоса. Ведь ни его первая супруга (Милославская), ни его мать (Стрешнева) к числу именных, «золотых боярских родов» не принадлежали, но стали достойными избранницами.

Потому Царь и не обращал внимания на доносы и сплетни в отношении своего любимого Матвеева, которого недоброжелатели называли и «колдуном», «еретиком», «чернокнижником». Столь же нелестными эпитетами стали награждать и Наталью Нарышкину, как только весть о расположении к ней Царя с быстротой молнии разнеслась по Москве. Несмотря на все злые наветы и козни, Наталья Кирилловна стала Русской Царицей. Но на протяжении еще очень многих лет конфликт между Милославскими и Нарышкиными будет определять судьбу Русского Престола.

Вот как выглядела новая Царица в описании Якова Рейтенфельса, не раз видевшего избранницу Алексея Михайловича: «Это – женщина в самых цветущих летах, росту величавого, с чёрными глазами навыкате, лицо имеет приятное, рот круглый, чело высокое, во всех членах изящная соразмерность, голос звонкий и приятный, и манеры самые грациозные».

В 1672 году, 30 мая (12 июня), Наталья Кирилловна родила первенца – сына Петра, ставшего впоследствии самым знаменитым Царём-реформатором – Петром Великим. До этого времени имя Пётр никогда не давалось членам Царского Семейства, и почему Алексей Михайлович и Наталья Кирилловна остановились на этом имени, так до конца и неясно. Крестниками мальчика стали: его тетка, сестра Царя Ирина Михайловна, и его сводный брат, старший царский сын и наследник Фёдор Алексеевич.

Новая Царская Семья внесла некоторые новшества в принятые правила поведения при Дворе. Так, Царь, неизменно любивший охоту, брал с собой свою супругу, выезжал с нею в карете с незанавешенными окнами, то есть женщина стала получать некоторые послабления и, несомненно, больше свободы, чем то ранее было.

Женитьба на Наталье Нарышкиной и семейное «сближение» с укладом дома Матвеева сказывалось на вкусах и интересах Царя и его ближайшего окружения. Появление в России театра стало одним из таких результатов.