То, что швейцарцы так приблизились к победе в таких нестабильных условиях, возродило в них надежду. Однако для Хласека как капитана, который и так уже подвергался критике, это был серьезный удар. Это подготовило почву для дальнейших проблем, возникших четырнадцать месяцев спустя.

Что до тура, то взлет Федерера в начале 1999 года сменился небольшим застоем на несколько месяцев. Шесть последовательных турниров закончились поражениями в первых раундах, в том числе главный дебют на «Ролан Гаррос» и Уимблдоне. На французском чемпионате он проиграл Патрику Рафтеру, а на Уимблдоне – Байрону Блэку. Лучших результатов он достиг на турнирах на крытых кортах, и, когда ему позволили снова играть на крытых кортах, дела его снова пошли в гору. Он проиграл в трех сетах Ллейтону Хьюитту в Лионе в их первом матче уровня тура АТР (этот матч сопровождало необычное зрелище: их тренеры, Питер Картер и Даррен Кэхилл, сидели мирно на трибунах и дружески болтали). Он победил Седрика Пьолина – игрока, в том году вошедшего в десятку лучших, – в Ташкенте, в сентябре. Он победил Райнера Шуттлера в Тулузе на следующей неделе. Благодаря всему этому он из игрока, стоящего на пороге сотни лучших теннисистов, стал тем, кто стремительно ворвался в этот список.

1999 год он закончил, вернувшись в «челленджер», выиграв свой первый и единственный титул этого турнира в Бресте, заняв шестьдесят четвертую позицию рейтинга, поднявшись, таким образом, на двести тридцать восемь позиций с начала года, когда он был всего лишь триста вторым.

В начале 2000 года победа в двух раундах на Открытом чемпионате Австралии ускорила продвижение Федерера в рейтинге. В середине февраля он достиг своего первого финала тура АТР в Марселе, спустя неделю после политизированного матча Кубка Дэвиса против Австралии. В финале он встретился не с кем иным, как с человеком, с которым он стоял бок о бок на протяжении предыдущих соревнований, – с Марком Россе. Это был очень уважительный и взаимно вежливый финал, завершившийся в пользу Россе со счетом 7–5 на тай-брейке. Возможно, что Федерер был не вполне готов к своему первому титулу – этот вопрос все еще является открытым. Вероятно, если бы он играл с кем-то менее близким для него, то его желание победить было бы больше. Сам же Россе позже шутливо заметил в разговоре со швейцарским журналистом Роже Жонином, что он поблагодарил Роджера за то, что тот позволил ему выиграть. В это трудно поверить, несмотря на то что Федереру было приятно, что Россе выиграл очередной турнир, четырнадцатый за его карьеру и третий в Марселе.

Взросление Федерера пришлось на самое начало 2000 года. В тот период он принял ряд решений, впоследствии определивших его независимость. Он расстался со спортивным психологом Крисом Марколли, проработав с ним больше года. В конце 2002 года Марколли поведал швейцарской газете Neue Zürcher Zeitung о том, что работа спортивного психолога заключается в том, чтобы «помочь пациенту с тем, чтобы он смог помочь себе сам», а также о том, что к началу 2000 года Федерер достиг необходимого уровня независимости. Короче говоря, в совместной работе больше нет необходимости. В апреле Роджер объявил, что в этом году покинет «Швейцарский Теннис».

Наиболее значимой чертой многих национальных теннисных программ является помощь, которую они оказывают игрокам в течение первых двух лет после выхода из юниоров. Шведы в 70-х годах и немцы в 80-х узнали, что карьеры многих многообещающих теннисистов погубил именно недостаток помощи, которая бы облегчила переход из юниоров во взрослый тур. Пока же Федерер был на пути к тому, чтобы стать профессионалом в 1998 году, и он все еще был связан контрактом со «Швейцарским Теннисом». Это позволяло ему тренироваться в новом центре в Биле, а также получать финансовую помощь от этой организации. В то же время это оставляло за «Швейцарским Теннисом» последнее слово в выборе тренера. То есть Федерер вынужден был играть в Кубке Дэвиса даже в том случае, если возражал против капитана, выбранного ассоциацией. Разумеется, он и сам мог уйти. Однако тот факт, что национальная ассоциация принуждала его играть с Австралией в Кубке Дэвиса, помог ему принять окончательное решение.