23 февраля 1918 года ВЧК направила во все Советы радиотелеграмму с рекомендацией немедленно организовать в районах чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией, по примеру Петроградской ЧК, если таковые еще не организованы. Одной из первых была образована Московская ЧК. Вслед за ней стали создаваться отделы и комиссариаты по борьбе с контрреволюцией в других городах. 12 июня 1918 года I Всероссийская конференция ЧК приняла «Основные положения об организации чрезвычайных комиссий». В августе 1918 года в Советской республике насчитывалось 75 уездных чрезвычайных комиссий. К концу года было создано 365 уездных ЧК. Сеть организованного красного террора была наброшена на всю Россию. Постоянно расширяющийся круг задач и полномочий ВЧК предопределил появление в ее структуре, наряду с отделами по борьбе с контрреволюцией и преступлениями по должности, целого ряда новых структурных подразделений. В августе 1918 г. для борьбы с «враждебными элементами» на железнодорожном и водном транспорте был образован Транспортный отдел. В декабре 1918 г. для производства обысков, арестов и наружного наблюдения создан Оперативный отдел. В январе 1919 г. сформирован Особый отдел, на который постановлением ВЦИК от 21 февраля 1919 г. возлагалась «борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте». На местах при губернских Чрезвычайных комиссиях создавались особые отделы (фронтовые и армейские), подчиненные непосредственно Особому отделу ВЧК. В их задачи входила активная борьба с контрреволюцией не только на фронте, но и в тылу. Работу этого отдела курировал, как член ЦК РКП(б), И.В. Сталин, которому начальник Особого отдела ВЧК М.С. Кедров делал еженедельные доклады. В сентябре 1919 г. в структуре ВЧК появился Экономический отдел, в задачи которого входило ведение борьбы с «экономическим шпионажем, вредительством и диверсиями» в народном хозяйстве. В декабре 1920 г. на базе одного из отделений Особого отдела был организован Иностранный отдел. Особо следует сказать о Секретном отделе ВЧК, названном впоследствии Секретно-политическим. Его сформировали в феврале 1919 г. специально для борьбы с «антисоветскими партиями, политическими группами и организациями», а также для слежки за интеллигенцией и духовенством. Все вышеназванные отделы ВЧК в дальнейшем стали традиционными структурными подразделениями центрального аппарата советских органов госбезопасности, поскольку сфера их интересов оставалась неизменной со времен существования ВЧК. (См.: Книга для учителя. История политических репрессий и сопротивления несвободе в СССР. Глава 2.)

С первых лет революции чекистский карательный корпус стал весьма влиятельной силой. С ним не могли не считаться. Его боялись даже руководители партии и Советского государства. В 20-е годы, как мы уже знаем, в партии еще ставился вопрос об ограничении полномочий ЧК, но всякий раз безуспешно. В.И. Ленин сделал заявление о полной поддержке и защите структуры, «подвергшейся за некоторые свои действия несправедливым обвинениям со стороны ограниченной интеллигенции… неспособной взглянуть на вопрос террора в более широкой перспективе» (Ленин и ВЧК… с. 122). «Орган революционной расправы» был поставлен вне критики по распоряжению самого Ленина. ЦК РКП(б) по его предложению издает Постановление от 19 декабря 1918 года, юридически закрепив запрет любой критики в отношении деятельности ВЧК: «На страницах партийной и советской печати, – говорилось в этом документе, – не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях» (Ленин и ВЧК… с. 133).