С самого начала отчет о покушении противоречил отчету с результатами вскрытия, от чего создавалось впечатление, будто кто-то что-то скрывает. Патологоанатом Хьюмс впервые услышал о пулевой ране в трахее на следующее утро, когда Перри сообщил ему об этом по телефону. Теперь все стало ясно: огнестрельное ранение в спину, повреждение верхней части правой половины легкого, обнаруженное при вскрытии, и отверстие, через которое Перри делал трахеотомию, находились точно на одном уровне и соответствовали версии о выстреле сзади, так же как и выстрел в голову. Таким образом, было сделано два выстрела сзади. Наиболее удачный результат, который только можно вообразить, если уместно так говорить в контексте трагического события: преступник действовал в одиночку, это не было попыткой переворота. Тем не менее многие считали, что отчет героического молодого хирурга, который своими глазами видел ранения еще живого на тот момент президента, заслуживает доверия больше, чем протокол организованного вскрытия, проведенного посреди ночи, да еще и в военном госпитале.

Как именно огнестрельные ранения появились в теле Кеннеди, демонстрирует любительский фильм Абрахама Запрудера, человека, который страдал боязнью высоты и, при поддержке своего секретаря, Мерилин Сицман, запечатлел кортеж автомобилей и вместе с ним, по чистой случайности, покушение на президента. Чтобы было лучше видно, ему пришлось встать на возвышение – у парапета колоннады на холме. Пока он снимал, Мерилин держала его за ноги. Запись увидела свет лишь спустя пятнадцать лет после убийства, и она показывает картину, которая до сих пор стоит у всех перед глазами: разлетающиеся осколки черепа президента и его жена Джеки, в отчаянии взбирающаяся на заднюю дверь движущейся машины. Менее известным был фильм, снятый за пять секунд до выстрела. Ничто не предвещало беды. Внезапно лицо Кеннеди исказилось судорогой. Он схватился обеими руками за шею, однако никто ничего не заметил. В то время как все радостно смеялись и махали проезжающему кортежу, президент выглядел так, будто сейчас задохнется.

Произошло следующее. Ужасающее ранение головы стало последствием третьего выстрела. Второй выстрел поразил Кеннеди со спины и прошел ниже голосовых связок через трахею. Поэтому он не смог закричать, и никто не заметил, что он задыхался. Пуля пронзила его шею насквозь и попала Джону Конналли, губернатору Техаса, который сидел перед Кеннеди в машине, в грудную клетку, правое запястье и левое бедро. Это вещественное доказательство № 399 комиссией Уоррена было названо «магическая» или «волшебная» пуля (англ. the magic bullet) из-за странной траектории движения.

Однако реконструкция этого события, основанная на фильме Запрудера, показывает, что движение пули не было таким уж странным, как думали изначально. Самый первый выстрел не попал в цель и травмировал правую щеку Джеймса Тага, зрителя. Услышав звук выстрела, Конналли повернулся в машине и схватил свою ковбойскую шляпу. Это движение привело к тому, что все точки попадания пули и, соответственно, раны, полученные Кеннеди и Конналли, находились как бы на одной линии. Если эту линию продолжить, она бы уперлась в открытое окно на шестом этаже Техасского школьного книгохранилища. Ли Харви Освальд стоял за этим окном или какой-то другой стрелок – остается загадкой, поскольку Освальд отрицал свою причастность к этому преступлению, а через два дня и сам был застрелен.