Зато Саакашвили начал активно вытеснять российские вооруженные силы, находившиеся в стране в рамках старых соглашений с Шеварднадзе. Отношения с Москвой быстро портились. Саакашвили активно продвигал идею строительства нефтепровода Баку – Тбилиси – Джейхан, формировавшего альтернативные по отношению к России трассы поставки нефтепродуктов в Европу. В марте 2006 года российский санэпиднадзор ввел запрет на ввоз грузинских вин. Через месяц это ограничение распространилось на «Боржоми». Под запрет заодно попали и абхазские вина. В мае 2006 года Тбилиси заявил о намерении войти в НАТО, а в сентябре в Тбилиси было арестовано четыре офицера ГРУ и 11 граждан Грузии, обвиненных в шпионаже. Министр обороны Вано Мирабишвили высказался откровенно хамски: «Россия еще никогда не была такой незащищенной и слабой, как сегодня… Весь мир увидел, что Россия – обыкновенная беспомощная страна, и миф о всемогуществе ее спецслужб – всего лишь миф, и он предан истории».

Арестам подверглись лидеры оппозиционной партии «Справедливость» Игоря Георгадзе, обвиненного в попытке государственного переворота. Было арестовано сразу 30 человек, из них 13 человек после непродолжительного суда получили от 2,5 до 8 лет тюрьмы. Российских граждан вскоре пришлось отпустить, но на этом кризис не закончился. Россия в одностороннем порядке приостановила авиационное, автомобильное, морское и железнодорожное, а также почтовое сообщение с Грузией. Из страны началась эвакуация российских граждан.

Одновременно Саакашвили начал активно выдавливать из Грузии российские военные базы, размещенные еще во времена Шеварднадзе. В этом его активно поддерживали американцы, отнюдь не торопящиеся убрать свою базу-тюрьму из Гуантанамо (Куба). По-другому поступила Москва, уставшая от обвинений в агрессивных настроениях. В июне 2007 года была закрыта российская база в Ахалкалаки на юге Грузии, прикрывавшая дружественную Армению со стороны Турции. В ноябре 2007 года досрочно была выведена техника из Батума.

Из Америки щедрой рекой потекли деньги. Саакашвили максимально упростил жизнь иностранным инвестором, именно инвестиции из-за рубежа были одной из основных причин высоких темпов роста ВВП (12 % в 2007 году). В 2005–2006 годах один лишь Казахстан вложил в гостиничный сектор Грузии почти 100 млн долларов, а в целом объем инвестиций достигал 1 млрд долларов в год. Еще 1,24 млрд долларов перечисляла грузинская диаспора, проживавшая в России. Наряду с деньгами тружеников это были и криминальные средства.

При этом следует отметить, что не менее важным источником пополнения грузинского бюджета были и российские инвестиции. «ИНТЕР РАО ЕЭС» взял под контроль 33 % электроэнергетики в Грузии. Компания построила электростанции на горных речках, и Россия начала покупать электричество у собственной компании, зарегистрированной в Грузии. С 2007 года нефть и газ Грузия покупала не у России, а у Азербайджана. Зато на местном рынке активно работали компании ЛУКОЙЛ (владела каждой четвертой автозаправкой в Грузии) и ИТЕРА. В Грузию вкладывались ВТБ, группа «Промышленные инвесторы», «ВымпелКом». Даже Тифлисский винный завод купил российский «Дионис Клуб». На совместной пресс-конференции Путин издевательски заявил Саакашвили, что теперь граждане Грузии смогут пить нормальное вино.

Далее, «Аэрофлот» приобрел 100 % акций флагмана грузинской авиации, компании AirZena – «Грузинские авиалинии». Внешторгбанк приобрел контрольный пакет акций одного из самых крупных грузинских финансовых учреждений – Объединенного грузинского банка. А Волжский автомобильный завод начал переговоры с Тбилисским авиационным заводом о создании в столице Грузии производства по сборке автомобилей «Нива».