А против бывшего петербургского мэра прокуратура вскоре завела дело по обвинению в коррупции. Генеральный прокурор Юрий Ильич Скуратов сказал министру юстиции Валентину Алексеевичу Ковалёву:

– Мечется Собчак. Не спит, наверное. Да и как заснуть, если за плечами такое…

– А что, собственно, «такое»? – уточнил министр.

– Махинации с квартирами, вывоз и сбыт цветных металлов за бесценок, сомнительные сделки с сомнительными иностранцами…

Генеральная прокуратура и Министерство внутренних дел (министром тогда был генерал армии Анатолий Сергеевич Куликов) создали совместную оперативно-следственную группу по расследованию случаев коррупции среди должностных лиц мэрии Петербурга. Собчака попытались посадить. Но когда Анатолия Александровича вызвали на допрос в прокуратуру, его жена Людмила Нарусова, невероятно энергичная женщина, договорилась с главным врачом Военно-медицинской академии Юрием Леонидовичем Шевченко, и он госпитализировал Собчака.

Вмешался и Путин, тогда уже директор ФСБ. Большая следственная группа, присланная из Москвы, собирала материал о взяточничестве среди чиновников питерской мэрии, что само по себе едва ли было приятно Путину. Заручившись согласием Ельцина, благоволившего к былому соратнику по Межрегиональной депутатской группе, Владимир Владимирович сам поехал в Петербург. Под носом у следователей Людмила Нарусова рано утром 7 ноября вывезла Собчака из больницы, доставила в аэропорт и на самолете финской авиакомпании отправила за границу для лечения.

Тогдашний генеральный директор петербургского аэропорта Пулково рассказал газете «Московский комсомолец» (20 июля 2012 г.): «В городе есть 122-я медсанчасть, которая в то время обслуживала космонавтов и атомщиков. У меня был заключен с ее руководителем и согласован с таможней, ФСБ и пограничниками договор на случай разных экстренных вылетов. На спецстоянке стоял маленький самолет, а у нас был записан номер одного-единственного медицинского микроавтобуса, который имел право срочно, не проходя пограничный или таможенный контроль, доставлять из 122-й санчасти больного к этому самолету. Собчак с инфарктом слег в Военно-медицинскую академию. В то утро, когда следователи уже хотели забирать Собчака из палаты, его секретно доставили в 122-ю медсанчасть, посадили в ту самую единственную на весь город машину, имевшую право свободного въезда на летное поле, и под видом экстренного больного вывезли в Финляндию».

Операция ФСБ против прокуратуры – нечто новое в истории отечественных спецслужб. Путина могли обвинить в превышении служебных полномочий или в попытке помешать правосудию. Но Собчака очевидно травили. Поступок Владимира Владимировича вызвал симпатии. У Анатолия Александровича было больное сердце, и он рано умер. Перед смертью он все-таки вернулся на родину – благодаря Путину, который не отрекся от своего бывшего профессора и начальника.

«Утром 1 января 2000 года, – рассказывала Нарусова, – через несколько часов после того, как Ельцин передал власть Путину, Анатолий стал писать записки – предложения новому президенту. Муж по пунктам перечислял, что нужно сделать: создать федеральные округа, полпредства президента, Федеральное бюро расследований как единый орган следствия».

Когда Собчак скончался, Путин отправил самолет, чтобы доставить его гроб в Санкт-Петербург. Бросив все дела, приехал проводить его в последний путь. Его печаль на похоронах была искренней. Летом 2006 года президент приехал на открытие памятника Собчаку. Сказал:

– Он никогда не шел на компромиссы. Я достаточно долго работал с ним, и я еще тогда удивлялся: как же так – человек старше меня на пятнадцать лет, а в душе – моложе! Он был романтик. Это удивляло меня…