Путин понимал, что уход под американское крыло, превращение компании ЮКОС в независимого от России игрока на мировом рынке ослабит государство. Только нефть способна восстановить экономику России.

Началось официальное расследование деятельности компании ЮКОС, связанное с неуплатой налогов.

Летом Институт национальной стратегии представил аналитический доклад политолога Станислава Белковского «Государство и олигархи». В нем говорилось о том, что олигархи готовят государственный переворот, собираются взять под контроль Государственную думу.

Кто-то из журналистов задал Владимиру Путину вопрос о том, знает ли он о докладе Белковского, и получил неожиданный ответ: «Я абсолютно убежден, что за последние годы пресловутая равноудаленность различных представителей бизнеса от органов власти и управления в стране все-таки состоялась… Что до тех, кто не согласен с этой позицией, то, как раньше говорили, иных уж нет, а те далече».

11 июля 2003 года в штаб-квартире ЮКОСа был произведен обыск, конфискованы документы. Ходорковский получил предупреждение о том, что ему угрожает. Почему он не поступил так, как Смоленский, Березовский и Гусинский, которые уехали из России и поселились на Западе? На этот вопрос можно ответить так: Михаил Касьянов и Александр Волошин поддерживали Ходорковского, дали ему гарантии.

Шестого августа в офисах, принадлежащих компании, были изъяты электронные файлы. Никто, правда, еще и не подозревал, что олигарха такого уровня можно подвергнуть аресту. Документы компании рассказали о многих нарушениях российского законодательства, но Ходорковский продолжал свою деятельность.

В октябре, буквально перед арестом, он посетил Берлин, где выступил с речью. В ней олигарх пообещал посвятить себя созданию российского гражданского общества, попросил у Германии поддержки в его борьбе с Кремлем.

Ходорковский посетил и Великобританию. Президент компании БиПи Джон Браун, которому Ходорковский предложил приобрести 25 % акций ЮКОСа, поразился той уверенности, с какой олигарх говорил о том, «как проводит людей в думу, как может обеспечить нефтяным компаниям не платить большие налоги и о том, как много влиятельных людей находится у него под контролем». По его признанию, Ходорковский показался ему слишком могущественным.

В октябре 2003 года Ходорковский был арестован. Ему было предъявлено обвинение по семи статьям УК РФ. Это хищение чужого имущества путем обмана в составе организованной группы в крупном размере (ст. 159); злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации (ст. 315); причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере (ч. 3 ст. 165); уклонение от уплаты налогов с организации в особо крупном размере группой лиц по предварительному сговору, неоднократно (ч. 2 ст. 199); уклонение физического лица от уплаты налога или страхового взноса в государственные внебюджетные фонды, совершенные в особо крупном размере (ч. 2 ст. 198); подделка официальных документов, совершенная неоднократно (ч. 2 ст. 327); растрата чужого имущества (ст. 160).

Соратники Ходорковского Невзлин, Пичугин и Лебедев, кроме того, обвинялись в убийствах.

Арест Ходорковского стал лакмусовой бумажкой, по которой можно было определить настроение разных слоев общества.

Спустя годы некоторые западные писатели определят Ходорковского как хитроумного махинатора. А пока арестом олигарха были потрясены лидеры партий «Яблоко» и СПС. Они даже выступили с совместным заявлением, в котором говорилось: «Масштаб происходящего совершенно независимо от намерений правоохранительных органов в худшую сторону изменяет политическую ситуацию в стране и ставит под сомнение незыблемость конституционного строя в России».