После избрания Ельцина на второй срок положение в корне изменилось. Аппарат президента стал превращаться во «второе правительство». Многие полагали, что он станет чем-то вроде прежнего секретариата ЦК КПСС.

В 1996 году Ельцин, хоть и добился своего избрания на второй срок, одержав тем самым победу над коммунистами и националистами, но так и не смог оправдать возлагавшихся на него надежд и преодолеть негативные тенденции в экономике. Сразу же после выборов он тяжело заболел и практически полностью парализовал всю систему государственного управления. Его преемником временно стал Черномырдин. Четко следуя рекомендациям МВФ, он по мере сил боролся с инфляцией и, как и в старые добрые времена, стремился пополнить бюджет в первую очередь за счет доходов от экспорта нефти и природного газа, упорно не желая прибегнуть к таким непопулярным, но крайне необходимым для вывода России из экономического кризиса мерам, как ужесточение налоговой дисциплины, реструктуризация могущественных естественных монополий, отказ от субсидирования убыточных промышленных предприятий, создание условий для привлечения иностранных инвестиций и стимулирование частного сектора. В результате уже в начале 1997 года выяснилось, что средств на покрытие бюджетного дефицита нет, и стране грозят социальные катаклизмы.

Правительство Черномырдина оказалось не в состоянии собрать налоги и погасить многомесячные долги по зарплате и пенсиям. Премьер-министр слишком часто шел на уступки агропромышленному лобби и даже начал заигрывать с коммунистами, рискуя навлечь на себя гнев Ельцина. Слишком шатким было положение его правительства.

В данной ситуации выздоровевший президент решил в очередной раз произвести замену ряда высокопоставленных должностных лиц и не просто вернуться к исполнению своих обязанностей, но сделать это так, чтобы все видели, кто в Кремле настоящий хозяин. После очередной порции отставок и назначений полномочия Черномырдина были существенно урезаны. Над ним был поставлен Чубайс, занявший одновременно посты первого вице-премьера и министра финансов. Он курировал почти все ведущие министерства и даже военно-промышленный комплекс. Новый влиятельный человек России прекрасно понимал, что без материальной поддержки со стороны финансовой элиты невозможно провести серьезные социально-экономические преобразования. Поэтому он напрямую обратился к олигархам с призывом поддержать отечественных производителей.

Ельцин, обладавший, превосходным политическим чутьем, не мог допустить чрезмерной концентрации власти в одних руках. По его настоянию еще одним первым вице-премьером был назначен тридцатидвухлетний Борис Немцов, по степени влияния в правительстве ничуть не уступавший Чубайсу. Он закончил в Горьком (теперь Нижний Новгород) Радиофизический институт, в 1990 году был избран народным депутатом, в конце 1991 года принял предложение Ельцина занять пост губернатора Нижегородской области и с помощью Явлинского и зарубежных инвесторов превратил ее в полигон радикальных рыночных реформ. На популярности Немцова не отразилось даже его намерение первым в России изменить на подведомственной ему территории систему оплаты жилищно-коммунальных услуг. Об этом свидетельствовала убедительная победа Немцова на губернаторских выборах 1996 года. Через полгода Березовский и Татьяна Дьяченко уговорили его переехать в Москву и войти в состав «обновленного» кабинета министров.

Появление Немцова в рядах новой кремлевской команды сразу же сделало ее облик гораздо более привлекательным в глазах региональных руководителей, к числу которых он еще недавно принадлежал, а также бизнесменов, журналистов и молодежи, ранее не проявлявшей ни малейшего интереса к политике. Немцову дали двухгодичный испытательный срок. За это время он должен был показать себя достойным «наследником» Ельцина. Ведь президент в беседах с Гельмутом Колем и другими видными иностранными государственными деятелями уже неоднократно называл высокого кудрявого брюнета своим потенциальным преемником.