Вскоре святитель Феофан сподобился великого утешения: присутствовать при открытии мощей святителя Тихона Задонского. С юных лет он горел любовью и благоговением к памяти святого Тихона. И здесь, при раке новоявленного святителя, у него сложилось твердое решение идти по его стопам. Оставив Воронежскую кафедру, он удаляется в Задонск, чтобы посвятить себя созерцательной жизни. Как святитель Тихон, так и святитель Феофан решил всю свою ученость посвятить служению Церкви в качестве аскета-затворника.

С 1871 года преосвященный Феофан предался полному затвору в Вышенской пустыни – бедной и как бы затерявшейся в лесах Тамбовской губернии. Для совершения богослужения святитель Феофан устроил себе маленькую церковь, выделив для этого часть гостиной. Вместо иконостаса, была простая занавесь из дешевой материи, которой алтарь был отделен от остальной части церкви. В свою келью, кроме келейника, духовника и настоятеля обители, являвшихся к нему по временам, никого не принимал.

Узнав о великом подвижнике, люди со всех сторон стали письменно обращаться к нему за советами; и святитель Феофан, не нарушая своего затвора, не отказывал никому в духовном наставлении. Ежедневно он писал около сорока ответных писем. В них он выражает отеческую заботу к одним, других наставляет, вразумляет, иным отвечает на те или иные вопросы христианской жизни, тех утешает в скорбях, иных предостерегает от разного рода заблуждений и увлечений. Следя из своего затвора за современною жизнью и мыслью, особенно церковной, святитель Феофан со всею ревностью сильного борца Православия встает на защиту его при первом появлении какого бы то ни было учения, противного духу Православия.

В 1883 г. на письмо одного из племянников, где тот просит у него темы для сочинений, преосв. Феофан отвечает ему следующими словами: «Вы просите тем – их легче решать, чем задавать. Я той мысли, что всего лучше писать о том, что падет на сердце: ибо там настоящий источник речи.– Если со вне нужен толчок, то вот он: нас съедает протестанщина, – пашковство, штунда, толстовщина и подобное – все оттуда. Так берите разные пункты мудрований сих,– и бейте их без милости.– Писали вы о том, что есть истина, и нашли, что она есть только в учении Христовом. Идите далее и решайте, где учение Христово. Решайте так: в слове Божием, понимаемом по учению, устно оставленному Апостолами, и хранимому св. Православною Церковью, – с дополнениями из Предания и того, чего нет в Писании Божием… – Этим положите камень – в основу борьбы с протестантами. Затем можете колотить их очень успешно во всем.– Читайте больше св. отцов и их изучайте, – особенно первых веков (3–4-й). Там дух Апостольский. Ведь и у нас много суемудрецов, которых тоже нужно бить. Если не упустите заняться ими: то они сами направят вас на то, чем надо заняться и что написать» (Из письма к племяннику И. А. Крутикову).

Со временем жизнь святителя Феофана сделалась сокровенною для людей, а ведомою одному Богу. Даже на прогулку, для пользования свежим воздухом, преосв. Феофан в годы полного затвора выходил на балкон при своем флигеле так, чтобы никто не мог его увидеть.

О жизни святителя в полном затворе можно передать небольшие сведения – частично по некоторым его собственным замечаниям, частично по свидетельству близких лиц, наконец, по тому, что открылось в его кельях после его кончины. В церквушке во имя Богоявления Господня, устроенной в келье, он совершал богослужения или вычитывал, что нужно в положенные часы. Там-то он, в первые десять лет полного затвора каждый воскресный и праздничный день, а в последующие годы ежедневно, совершал и Божественную Литургию, также один, «в сослужении ангелов», по выражению одного инока. В алтаре церковке, на стене, по кончине святителя, нашли подвешенный мешочек, весь наполненный записочками с именами лиц, просивших святителя поминать их в своих молитвах.