Надзор прокуратуры, а также средства реагирования прокуроров заключались в следующем. Обнаружив нарушение, прокурор вначале устно предлагал устранить его, а если его обращение не помогало, он приносил протест. Письменный протест поступал в тот орган, который нарушил закон и от которого зависело либо принять его или же остаться при своем мнении. При этом руководитель учреждения обязан был направить в вышестоящую инстанцию или Сенат вместе с протестом прокурора свои объяснения о причинах несогласия с прокурором. Принесение прокурором протеста приостанавливало действие того постановления, которое опротестовывалось. Непосредственное уголовное преследование прокуратурой не осуществлялось: прокуроры наблюдали только за ходом расследования дела и имели «попечение» об арестантских делах. В круг ведения прокуроров входил также надзор за фискалами, которые доносили обо всех замеченных ими злоупотреблениях прокурорам. Кроме того, прокуратура обладала правом законодательной инициативы.

Таким образом, по мнению историков, прокуратура создавалась в России как представительный орган императорской власти, осуществляющий от ее имени и по ее поручению повсеместный и постоянный надзор и контроль за действиями и решениями Правительствующего Сената, других центральных и местных учреждений.

Во время правления Екатерины Iвласть постепенно сосредоточилась в руках аристократии, что, соответственно, не могло не сказаться на положении генерал-прокурора, а затем и всей прокуратуры. При Екатерине I отмечается значительный отход от установленного Петром I порядка осуществления высшего надзора прокуратуры за соблюдением законов в государстве, сужается государственное значение прокуратуры и возглавляющего ее генерал-прокурора. Во главе правительства был установлен Верховный тайный совет, а затем Кабинет, что привело к существенному ограничению полномочий Сената. В некоторых сферах деятельности государственных органов вновь возрождается фискальная служба.

Восстановление статуса российской прокуратуры пришлось на период правления императрицы Анны Иоанновны. В сентябре 1733 г. учреждена должность губернского прокурора, который был вправе опротестовывать незаконные действия местных властей и судов с одновременным уведомлением об этом генерал-прокурора. Однако влияние прокуроров на местах было утрачено, и придать прокуратуре статус, какой она имела при Петре I, не удавалось.

Вторично прокуратура была отменена в регентство Анны Леопольдовны. 15 декабря 1740 г. был издан Указ об утверждении обер-прокуроров в Сенате и Святейшем Синоде, которым упразднялась должность генерал-прокурора, а обер-прокурора оставлена без подчиненных.

Попытка восстановить статус прокуратуры была предпринята императрицей Елизаветой Петровной. Однако существенной проблемой того периода истории развития прокуратуры стал недостаток и подбор надлежащих кадров. В докладе императрице Елизавете Петровне генерал-прокурор Н.Ю. Трубецкой проблему отсутствия кадров характеризовал следующим образом: «Ныне в сенатской конторе и во многих коллегиях и в прочих судебных местах и губерниях прокуроров почти никого нет, а в некоторых малых, хотя и есть, токмо люди уже зело престарелые и к тому неспособные».

И только при Екатерине II роль прокурора вновь стала возрастать. С разделением Сената на департаменты генерал-прокурор охватывает своим контролем всю их деятельность, а к концу XVIII века, продолжая оставаться органом надзора, фактически становится высшим органом управления общей компетенции. Перед прокуратурой ставились задачи защиты государства и справедливости, в том числе и защиты интересов подданных Российского государства. Генерал-прокурору было поручено ведение важнейших государственных дел, включая в ряде случаев и вопросы отправления правосудия.