На президентских выборах 1796 г. Джефферсон стал главным соперником Адамса и, заняв второе место по числу голосов выборщиков, получил пост вице-президента. По договоренности с Адамсом его основной функцией стало председательствование в Сенате, причем без права голоса. (Кроме случаев, когда верхняя палата оказывалась в патовом положении: при равенстве голосов «за» и «против». В такой ситуации голос вице-президента решал исход голосования. Эта правовая норма сохранилась до наших дней.)

В целом, однако, вице-президентство Джефферсона было весьма своеобразным: фактически он выступал против большинства мероприятий правительства, в частности против актов о подстрекательстве к мятежу и об ограничении иммиграции. Вице-президент предупреждал президента Адамса, что посягательства последнего на «суверенитет штатов» встретят сопротивление и что он, Джефферсон, это сопротивление поддержит. Федеральное правительство, утверждал он, является агентом штатов, опасность республике исходит от излишней федеративной власти, а не от «анархии», исходящей из среды необразованных масс. Впрочем, на практике он был чужд этих масс, как и они обычно оставались в стороне от бурных дискуссий.

Поведение Джефферсона в качестве вице-президента привело к крайнему обострению его отношений с Адамсом, который не без основания обвинял своего заместителя в нарушении воли избирателей. Впрочем, не лучшего мнения Адамс был и о Гамильтоне, которого называл «самым беспокойным, нетерпеливым, хитрым, неутомимым и беспринципным интриганом в Соединенных Штатах».

Острая борьба развернулась на президентских выборах 1800 г. Подчас эту избирательную кампанию называют «революцией 1800 года», хотя, конечно, это выражение было лишь условным обозначением тех государственно-конституционных изменений, которые вели к устранению недостатков избирательной системы, а затем к упадку и распаду Федералистской партии. До этого выборщики имели по два голоса, но могли голосовать только за президента, а лицо, занявшее второе место, автоматически становилось вице-президентом.

Демократы-республиканцы выдвинули Джефферсона, а вместе с ним Аарона Берра – ветерана Войны за независимость, опытного адвоката и политика, сторонника расширения прав штатов, прежде всего своего родного Нью-Йорка. Кандидатом федералистов вновь стал Адамс, который к концу своего президентства потерял значительную степень своего былого влияния.

Оба кандидата в полемике непосредственно не участвовали, хотя поощряли ожесточенные выступления своих сторонников, не стеснявшихся прямых оскорблений. Адамса называли «стариком-подстрекателем», Джефферсона – атеистом, который в своем безбожии однажды обесчестил вдову. Дело дошло до того, что в конце июня 1800 г. некоторые газеты распустили слух о внезапной смерти Джефферсона, а опровержение опубликовали только через неделю!

Обеспечив себе большинство голосов выборщиков, Джефферсон придумал хитрый ход: один выборщик должен был отдать не два, а лишь один голос. В результате этого он рассчитывал получить на один голос больше Берра и стал президентом, а тот – вице-президентом. Но неразбериха в коллегии выборщиков привела к тому, что оба они получили равное число голосов и вопрос был передан в Палату представителей, где большинство было у федералистов. Часть из них, стремясь не допустить избрания Джефферсона президентом, проголосовала за Берра. Последний самоустранился от борьбы, заявив, что примет любое решение палаты. Этим он фактически отказался от поддержки Джефферсона, которого однопартийцы рассматривали как единого кандидата на президентский пост. 34 тура голосования завершились вничью. Только после того как Гамильтон, ненавидевший Берра по личным причинам (они поссорились, когда родственник Гамильтона обвинил Берра во взяточничестве, за чем последовала дуэль, впрочем, окончившаяся бескровно) высказался за Джефферсона как «меньшее зло», а затем еще один федералист переметнулся на сторону Джефферсона. В 35-м туре Джефферсон был избран президентом большинством в один голос. На протяжении всей этой возни он выражал надежду, что в будущем федералисты «будут усмирены». Чтобы исключить повторение подобных инцидентов, Джефферсон инициировал принятие 12-й поправки к Конституции, которая предусматривала, что выборщики будут по-прежнему отдавать два голоса, но теперь один голос – за президента, а второй – за вице-президента.