Хотя война объявлена не была, фактически с 1798 по 1800 г. у побережья то и дело вспыхивали морские бои. Вопреки ожиданиям, американские военные корабли оказались боеспособными. Дело дошло до того, что 9 февраля 1799 г. фрегат «Созвездие» (Constellation) не только нанес серьезные повреждения более крупному французскому фрегату «Инсургент» (Insurgente), но и захватил его вместе с командой. Эта победа укрепила позиции Адамса и внутри страны, и на международной арене.

Вступление США в антифранцузскую коалицию казалось решенным делом. Однако в том же 1799 г. в результате государственного переворота в Париже к власти пришел генерал Бонапарт, что коренным образом изменило ситуацию. Адамс назначил новую дипломатическую миссию. Готовясь к масштабной войне на Европейском континенте, Наполеон счел целесообразным примириться с США, и 30 сентября 1800 г. был подписан Морфонтонский договор о прекращении военных действий.

Внутри страны Адамс на протяжении всего своего срока все больше сталкивался с сопротивлением республиканцев. Хотя Джефферсон активно не выступал, президент считал его своего рода вражеской агентурой в федералистском лагере. Республиканская пресса обвиняла Адамса в монархических намерениях, в обострении внешних конфликтов ради укрепления собственной власти, в трате огромных государственных средств, в коррупции.

Летом 1799 г. Конгресс, в котором большинство принадлежало федералистам, принял несколько законов, предоставлявших исполнительной власти право налагать высокие штрафы и подвергать тюремному заключению за «подстрекательство к мятежу» (именно так был назван основной закон этой серии), причем трактовалось последнее весьма широко. В дополнение был проведен закон об иностранцах, согласно которому был введен 14-летний срок «натурализации», то есть пребывания иностранцев в США до получения гражданства. Имея в виду, что иммигранты из Европы, в частности ирландцы, которых в этот период было особенно много среди прибывавших из-за океана переселенцев, большей частью поддерживали республиканцев, этот закон, дававший право высылки из страны иностранцев, трактовали как направленный против оппозиции. Вице-президент Джефферсон высказался против этих законов, что привело к открытому конфликту между ним и президентом.

Особое недовольство населения вызывал рост налогов, которые шли на содержание армии и прежде всего на строительство дорогостоящих военных кораблей. Республиканская пресса утверждала, что и принятые законы, и «милитаризация страны» ставят целью установление единоличной власти президента. В законодательных органах Вирджинии и Кентукки республиканцам в конце 1798 г. удалось провести резолюции, объявлявшие законы о подстрекательстве и об иностранцах антиконституционными. В Вирджинии дело дошло до преобразования милиции в армию штата, целью которой объявлялось сопротивление антиконституционному законодательству. Не исключались отделение этого и других южных штатов от федерации.

Как показали эти и последовавшие события, пресса в значительной степени сильно преувеличивала опасности, грозившие стране. И у находившейся у власти группировки, возглавляемой Адамсом, и у оппозиции, которая, как мы знаем, имела своего представителя в высшем эшелоне власти в лице Джефферсона, было немало личностных властных амбиций, использовались демагогические приемы, популизм, которые становились неизбежными спутниками политической игры. Демократия с ее институциями, как оказывалось, имела свою обратную сторону. С ней приходилось считаться. Становилось ясным, что успешная политическая деятельность невозможна без той или иной степени лицемерия и обмана.