За три недели до нового ареста де Сад, возглавлявший депутацию своей секции, зачитывает в Конвенте «Петицию», в которой предлагается введение нового культа – культа Добродетелей, в честь которых следует «распевать гимны и воскурять благовония на алтарях». Насмешки над добродетелью, отрицание религии, существования Бога или какой-либо иной сверхъестественной организующей силы были отличительной чертой мировоззрения де Сада, поэтому подобный демарш воспринят многими исследователями его творчества как очередное свидетельство склонности писателя к черному юмору, примеров которого так много в его романах. Однако подобная гипотеза вызывает сомнения, ибо после принятия 17 сентября 1793 года «закона о подозрительных», направленного в первую очередь против бывших дворян, эмигрантов и их семей, де Сад, все еще числившийся в эмигрантских списках, не мог чувствовать себя полностью в безопасности и поэтому не стал бы только ради ехидной усмешки привлекать к себе пристальное внимание властей. Тем более что в обстановке начавшегося террора де Сад проявил себя решительным противником смертной казни, считая, что государство не имеет права распоряжаться жизнью своих граждан. С подобными взглядами его участие в революционных судебных процессах, происходивших в секции, было весьма сомнительным.

В результате в декабре 1793 года де Сада арестовали по обвинению в модерантизме и поместили в тюрьму Мадлонет. Затем его переводили из одной парижской тюрьмы в другую, и к лету 1794 года он оказался узником монастыря Пиклюс, превращенного в место содержания государственных преступников. Среди прочих заключенных там в это время находился и известный писатель Шодерло де Лакло. Неподалеку от монастыря, возле заставы дю Трон, стояла гильотина, и тела казненных хоронили в монастырском саду. Позднее, через год после освобождения, де Сад так описывал свои впечатления от тюрем революции: «Мой арест именем народа, неумолимо нависшая надо мной тень гильотины причинили мне больше зла, чем все бастилии, вместе взятые».

Приговоренного к смерти, его должны были гильотинировать вместе с двумя десятками других узников 8 термидора (26 июля). Счастливый случай спас де Сада: в неразберихе, царившей в переполненных тюрьмах, его просто потеряли. После переворота 9 термидора действие распоряжений якобинского правительства было приостановлено, и в октябре 1794 года по ходатайству депутата Ровера де Сад был освобожден.

В 1795–1800 годах во Франции и в Голландии вышли основные произведения де Сада: «Алина и Валькур, или Философический роман» (1795), «Философия в будуаре» (1795), «Новая Жюстина, или Несчастья добродетели» и «Жюльетта, или Преуспеяния порока» (1797), «Преступления любви, или Безумства страстей» (1800). В 1800 году вышел в свет роман «Золоэ», в персонажах которого публика сразу узнала Наполеона Бонапарта, недавно ставшего первым консулом, его жену Жозефину и их окружение. Разразился скандал. Авторство памфлета приписали де Саду. Наполеон подобных насмешек не прощал, и вскоре де Сад как автор «безнравственных и аморальных сочинений» был заключен в тюрьму Сен-Пелажи. (В скобках заметим, что Аполлинер и доктор Кабанес действительно считали маркиза автором этого романа; однако последние исследования показывают, что они заблуждались.)

В 1803 году маркиз был признан душевнобольным и переведен в психиатрическую клинику в парижском пригороде Шарантон. Там де Сад провел все оставшиеся годы жизни и умер 2 декабря 1814 года в возрасте 75 лет. В своем завещании он просил не подвергать тело вскрытию и похоронить его в Мальмезоне, в принадлежавшем ему ранее имении. Исполнено было только первое пожелание писателя, местом же упокоения стало кладбище в Шарантоне. По просьбе родственников могила де Сада осталась безымянной.