Правила Саровского общежития – самые строгие, в духе древне-христианских общежительных монастырей. Так, например, исключена всякая собственность, запрещено есть вне трапезы. О. Иоанну удалось обеспечить пустынь земельными угодьями. Он воздвиг в обители еще две церкви, перенес все келии на гору, устроил ограду и гостиницу для приезжих. Он надеялся вместо деревянных поставить каменные церкви и начал заготовлять кирпичи. Но лишь преемникам его пришлось совершить дело созидания великолепных Саровских соборов.

Число братии в 1733 году было 36 человек. Быт в пустыни был суровый. Все нужное для жизни приобреталось трудами братии. Сами возделывали землю, сеяли хлеб, на жерновах мололи муку. Занимались токарным и столярным делом, шили одежду, плели лапти, служившие обычною обувью. Зимой носили нагольные тулупы, летом балахоны из крашенины или из сурового холста. Единственным лакомством братии в праздничные дни служил настой из малины и мяты, который пили с медом.

Первоначальник Саровский о. Иоанн, по старости сложивший с себя обязанности начальника-строителя, кончил жизнь в изгнании.

То были печальные годы царствования императрицы Анны Иоанновны. Постоянно по малейшему поводу возникали обвинения в политической измене, и раз заподозренный пропадал для жизни: он томился в застенках так называемой «Тайной канцелярии» или подвергался казни.

В 1733 году, по ложному доносу, саровские иноки были заподозрены в государственной измене. В Саров прискакали чиновники тайной канцелярии с солдатами для ареста о. Иоанна. Сковав его цепями, его посадили под караул. Затем, допросив иночествующих, собрались везти его в Петербург. Строитель Дорофей и вся обитель еле упросили дать им проститься с о. Иоанном и двумя арестованными одновременно с ним иноками. Их вывели перед врата обители в кандалах, поставили в десяти саженях от ограды в ряд. С боков и сзади стали с оружием солдаты. Братии же велели выйти к ним, не подходя близко и не говоря им ни слова. То была величественная минута. Бряцание кандал и плач братии один нарушал тишину. Перекрестясь, первоначальник Саровский положил три поклона перед святыми вратами созданной им обители. Затем, обернувшись к оставляемой им братии, трижды поклонился ей в ноги, на что и братия отвечала земным поклоном. Затем, он молча осенил ее крестным знамением.

Около четырех лет протомился Иоанн в узах в Петербурге. Перед кончиною, напутствоваемый Святыми Дарами, он просил духовника доставить в Саровскую пустынь письмо с его предсмертным заветом братии – твердо хранить устав, держать мир и любовь между собою и безропотно нести послушания. Иеросхимонах Иоанн, скончавшийся 4 июня 1737 г., схоронен при церкви Преображения Господня, что в Колтовской, в С.-Петербурге.

Из преемников о. Иоанна более всех замечателен строитель Ефрем. Он также пострадал по несправедливому доносу в измене и провел 16 лет в ссылке в Оренбургской крепости, пономарем при церкви. Он отличался необыкновенным милосердием. Особенно проявил он свое человеколюбие во время великого голода 1775 года, когда многим приходилось питаться древесной корой, смешивая с мукой гнилое дерево и дубовые желуди. Тогда старец, печалясь о бедствующих, приказал кормить всех приходящих в обитель, каких бывало до тысячи в день. Братия, было, стала роптать, боясь, что для нее самой не хватит хлеба. Тогда старец, собрав старшую братию и, описав им нужду народную, сказал: «Не знаю, как вы, а я расположился, доколе Богу будет угодно за наши грехи продолжать глад, лучше страдать со всем народом, нежели оставить его гибнуть от глада. Какая нам польза пережить подобных нам людей? Из них, может быть, некоторые до сего бедственного времени и сами нас питали своими даяниями».