Но через некоторое время новый донос пробудил гнев императрицы. В марте 404 г. снова был собран Собор, на котором постановили изгнать из святого города. Как только святой покинул Константинополь, сгорел храм Святой Софии. После пожара последовали варварские набеги, которые практически уничтожили город, а в октябре 404 г. умерла сама Евдоксия. Интересно то, что даже язычники были убеждены, что город понес наказание за несправедливое изгнание святого. В это время Иоанн находился в Армении, где он продолжал помогать людям. В своих посланиях епископам в Африке и Азии он давал советы и утешал их в минуты скорби.
В 406 г. Иоанна приковала к кровати болезнь, он уже не мог самостоятельно передвигаться. Однако врагам святого этого было мало. Из столицы пришел приказ перевести Иоанна в Питиус (ныне это место в современной Абхазии). В дождь, истощенный болезнью, под конвоем, он три месяца совершал переход, и в Команах он умер. Это произошло 14 сентября 407 г.
Святые мощи Иоанна Златоуста были перевезены в Константинополь в 438 г.
Господи, не лиши мене небесных Твоих благ. Господи, избави мя вечных мук. Господи, умом ли или помышленим, словом или делом согреших, прости мя. Господи, избави мя всякаго неведения и забвения, и малодушия и окамененнаго нечувствия. Господи, избави мя от всякаго искушения. Господи, просвети мое сердце, еже помрачи лукавое похотение. Господи, аз яко человек согреших, Ты же, яко Бог щедр, помилуй мя, видя немощь души моея. Господи, посли благодать Твою в помощь мне, да прославлю имя Твое Святое. Господи Иисусе Христе, напиши мя раба Твоего в книзе животней и даруй ми конец благий. Господи Боже мой, аще и ничтоже благо сотворих пред Тобою, но даждь ми по благодати Твоей положити начало благое. Господи, окропи в сердце моем росу благодати Твоея. Господи небесе и земли, помяни мя грешнаго раба Твоего, студнаго и нечистого, во Царствии Твоем. Аминь.
Господи, в покаянии приими мя. Господи, не остави мене. Господи, не введи мене в напасть. Господи, даждъ ми мысль благу. Господи, даждъ ми слезы, и память смертную, и умиление. Господи, даждъ ми помысл исповедания грехов моих. Господи, даждь ми смирение, целомудрие и послушание. Господи, даждь ми терпение, великодушие и кротость. Господи, всели в мя корень благих, страх Твой в сердце мое. Господи, сподоби мя любити Тя от всея души моея и помышления и творити во всем волю Твою. Господи, покрый мя от человек некоторых, и бесов, и страстей, и от всякия иныя неподобныя вещи. Господи, веси, яко твориши, яко же Ты волиши, да будет воля Твоя и во мне грешнем, яко благословен еси во веки. Аминь.
Господи, Боже мой, вем, яко несмь достоин, ниже доволен, да под кров внидеши храма души моея, занеже весь пуст и пался есть, и не имаши во мне места достойна, еже главу подклонити; но якоже с высоты нас ради смирил еси Себе, смирися и ныне смирению моему, и якоже восприял еси в вертепе и в яслех безсловесных возлещи, сице восприими и в яслех безсловесные моея души, и во оскверненное мое тело внити. И якоже не неудостоил еси внити, и свечеряти со грешники в дому Симона прокаженнаго, тако изволи внити и в дом смиренныя моея души, прокаженныя и грешныя; и якоже не отринул еси подобную мне блудницу и грешную, пришедшую и прикоснувшуюся Тебе, сице умилосердися и о мне, грешнем, приходящем и прикасающемтися, и якоже не возгнушался еси скверных ея уст и нечистых, целующих Тя, ниже моих возгнушайся сквернших оныя уст и нечистших, и сквернаго и нечистейшаго моего языка. Но да будет ми угль пресвятаго Твоего Тела и честныя Твоея Крове во освящение и просвещение и здравие смиренней моей души ителу, во облегчение тяжестей многих моих согрешений, в соблюдение от всякаго диавольскаго действа, во отгнание и возбранение злаго моего и лукаваго обычая, во умерщвление страстей, в снабдение заповедей Твоих, в приложение Божественныя Твоея благодати, и Твоего Царствия присвоение. Не бо яко презираяй прихожду к Тебе, Христе Боже, но яко дерзая на неизреченную Твою благость, и да не на мнозе удаляяйся общения Твоего, от мысленного волка звероуловлен буду. Темже молюся Тебе: яко един сый Свят, Владыко, освяти мою душу и тело, ум и сердце, чревеса и утробы, и всего мя обнови, и вкорени страх Твой во удесех моих, и освящение Твое неотъемлемо от мене сотвори; и буди ми помощник и заступник, окормляя в мире живот мой, сподобляя мя и одесную Тебе предстояния со святыми Твоими, молитвами и моленьми Пречистыя Твоея Матери, невещественных Твоих служителей и пречистых сил, и всех святых, от века Тебе благоугодивших. Аминь.