Одним из наиболее примечательных событий короткого периода правления Йиржи стала перестройка Староместской ратуши, в результате чего она была значительно расширена за счет прилегающих домов.

Йиржи из Подебрад на чешском престоле сменили короли из польской династии Ягеллонов. При первом из них, Владиславе Ягеллоне, правившем в 1471–1516 гг., строительство в Праге продолжалось – аристократы и богатые горожане возводили дворцы и дома, старые здания обновлялись, появлялись новые.

В это время началось расширение и перестройка Староместской ратуши в стиле поздней готики, была доведена до совершенства конструкция курантов. На королевском дворе была выстроена Новая башня, позднее названная Пороховой, восстановлены костел Девы Марии на Травничке, разрушенный во время сражений под Вышеградом и костел на Карлове.

Еще в самом начале правления Владислава Ягеллона начались работы по реконструкции и укреплению Пражского Града. Были выстроены новые оборонительные башни, в частности знаменитая Далиборка. В этот период позднеготический стиль достиг своего расцвета, что отразилось в строениях конца XV – начала XVI вв., в частности в колокольнях костелов Св. Индржиха и Св. Кунгуты.

Наиболее значительными мастерами готики в этот период были Бенедикт Рейт из Пистова и Матей Рейсек. При них готический стиль приобрел завершенность, в нем уже стали проявляться черты ренессансного искусства. Именно Бенедикт Рейт провел реконструкцию Староместской ратуши, в 1490–1502 гг. обновил Королевский дворец в Пражском Граде, построив Владиславовский зал и аудиенц-зал.

В работе над королевским дворцом Пражского Града принимал участие и мастер Ганс Шпейс из Франкфурта, который построил западное крыло и королевскую молельню в часовне Св. Вацлава.

В 1503–1510 гг. под руководством Бенедикта Рейта было построено Людвиковское крыло королевского дворца, в архитектуре которого уже были черты Ренессанса. Интересно, что при Ягеллонах большинство новых зданий были светскими, даже те, что строились в позднеготическом стиле.

В 1516 г. Владислав Ягеллон умер, оставив корону малолетнему сыну Людвику. В Чехии сразу же развернулась борьба за власть между феодалами и королевскими привилегированными городами, к которым относилась и Прага. Противостояние началось еще при Владиславе. Королевские города боролись за сохранение своих прав, самоуправление и ограничение конкуренции со стороны городов, принадлежащих феодалам.

В 1517 г. было подписано Святовацлавское соглашение между союзом 32 королевских городов и крупными феодалами, согласно которому города получали судебную независимость. В 1518 г. союз организовал комитет с резиденцией в Праге и создал свое войско, однако вскоре городам пришлось уступить и отказаться от некоторых своих привилегий, в частности от монопольного права на изготовление и продажу пива.

Повзрослевший король Людвик Ягеллон в 1523 г. решил оказать поддержку городам, чтобы обуздать феодалов, однако вскоре был вынужден покинуть Чехию и ситуация вновь обострилась, чему во многом способствовало широкое распространение в стране идей немецкой Реформации.

В 1526 г. Людвик погиб в сражении с войсками турецкого султана, и власть в Чехии перешла к представителю династии Габсбургов, австрийскому эрцгерцогу Фердинанду (1526–1564).

Вступив на чешский престол, Фердинанд первым делом решил ограничить самостоятельность городов. Он упразднил объединенный совет Старого и Нового Места и запретил общегородские собрания.