После смерти Карла IV его место занял король Вацлав IV, при котором в городе стал все острее проявляться экономический кризис, начавшийся еще в конце правления Карла. Кризис особенно усилился после 1400 г., когда Вацлав лишился императорского престола и Прага стала утрачивать свое значение. Общий упадок отразился прежде всего на мелких ремесленниках, составлявших большую часть населения города. Особенно болезненным для низших слоев населения стало резкое повышение арендной платы за дома, принадлежавшие по большей части немецкой аристократии и духовенству. Засилье немецкой аристократии, получившей все наиболее значимые государственные посты, а также произвол католических священников, в большинстве своем немцев, торговавших индульгенциями и взимавших высокую плату за совершение церковных обрядов, вызывало огромное недовольство горожан.

Постепенно в городе назревал протест, особенно среди низших слоев населения. Бедные требовали удешевления церкви, уравнения в правах с духовенством и возврата к традициям раннего христианства, а более обеспеченные чехи с завистью взирали на огромные богатства церкви и немецкой аристократии.

Первыми выразителями общего настроения стали ученые. В последнее десятилетие XIV в. в Пражском университете появилось новое поколение магистров, чехов по национальности, которые прониклись идеями английских реформаторов, прежде всего Джона Уиклифа, и стали выступать против морального разложения среди монахов и священников. В числе этих профессоров были Штепан из Палче, Станислав из Зноймо, Иероним Пражский и Ян Гус.

В 1391 г. в Праге была построена Вифлеемская часовня, где сторонники религиозных и социальных реформ стали читать проповеди на чешском языке.

В 1402 г. произошло знаменательное для истории Праги и всей Чехии событие – в Вифлеемской часовне начал выступать магистр Пражского университета Ян Гус, обличая пороки католического духовенства. Его реформаторские идеи получили широкую поддержку населения. Выступления Гуса собирали огромное количество слушателей – иногда их число доходило до 3 тыс. человек.

Ян Гус разделял взгляды английского реформатора Джона Уиклифа и вскоре стал главой его сторонников в Чехии. В числе его требований была передача имущества монастырей светским властям, что нашло искренний отклик в среде пражской аристократии.

В 1409 г. он добился того, что управление университетом перешло в руки чехов, в результате чего немецкие профессора и студенты демонстративно покинули учебное заведение. Сам Гус был назначен ректором, однако не прекратил свою проповедническую деятельность и продолжал открыто выступать против торговли индульгенциями. Король Вацлав IV, ранее поддерживавший Гуса, в этом случае стал на сторону церкви и не дал своего одобрения сторонникам реформатора. Вскоре после этого за распространение реформаторских идей и призывов к возвращению к принципам раннего христианства Ян Гус был отлучен от церкви и покинул Прагу, продолжив проповедническую деятельность в провинции.

В 1414 г. Гус был вызван на церковный собор в Констанце, где его взгляды были объявлены еретическими. От Гуса потребовали отречения, однако он отказался признать свои идеи ошибочными. После этого Гуса арестовали и приговорили к смерти. В 1415 г. его сожгли заживо.

Казнь Яна Гуса, идеолога чешской реформации, вызвала огромное недовольство и волнения среди его сторонников, и в конце концов привела к войне, немалую роль в которой, помимо религиозных, сыграли национально-освободительные и социальные мотивы. Вопреки назиданиям короля, революционное движение в Праге не пошло на спад после смерти Гуса.