Другими причинами поражения политики Иосифа были, с одной стороны – неудачное участие в войне с Турцией, а с другой – готовившийся указ о полном переводе всех крестьянских земель на денежную оплату, что фактически отменяло барщину. После этого император полностью лишился поддержки высшей аристократии, которая была опорой его власти. Феодальные князья в 1790 г. вынудили уже тяжело больного Иосифа II отменить введение указа и отказаться от всех начинаний, за исключением религиозного и крестьянского патентов.

В феврале 1790 г. Иосиф II скончался, а на престол взошел его брат Леопольд II. Этот на редкость образованный и культурный человек в отличие от Иосифа II был острожным и хитрым правителем. Он постоянно лавировал между австрийской и провинциальной знатью. В качестве уступки чешским патриотам Леопольд возобновил традицию короноваться не только императорской короной, но и чешской. В 1791 г. он организовал в Праге пышную церемонию коронации, что позволило пражанам вновь ощутить себя жителями столицы государства и вызвало патриотический подъем в Чехии.

В 1792 г., после недолгого правления, Леопольд II умер и австрийским императором стал его сын, Франц II, которого готовили к престолу еще при жизни Иосифа I. С воцарением Франца II политика Австрийской империи приобрела ярко выраженные реакционные черты, несмотря на то, что император в некоторых вопросах поддерживал чешских патриотов. Так, в мае 1792 г. император подписал указ об учреждении в Пражском университете кафедры чешского языка и литературы, во главе которой был поставлен знаменитый чешский ученый Ф. М. Пельцль, а позже, как и его предшественник, Франц II провел коронацию в Праге, подчеркнув важность для империи этой провинции.

Отдельные уступки чешской интеллигенции мало сказывались на постоянном давлении австрийской культуры. Помимо ущемления политических прав провинции, существовала цензура, особенно жесткая для произведений на чешском языке. Однако, несмотря на эти трудности, развитие чешской литературы и публицистики продолжалось.

Ученые, в частности Йозеф Юнгман и Франтишек Палацкий, работавшие в этот период в Праге, не только создали важнейшие научные труды на родном языке, но и многое сделали для формирования патриотических чувств у городской интеллигенции.

Начало XIX в. стало для Чехии и ее столицы временем серьезного экономического подъема, несмотря на тяжелое положение в Европе из-за начавшихся наполеоновских войн, и давления со стороны Австрии. В Праге появилось огромное количество мануфактур и фабрик, которые хотя и были небольшими, но оказали огромное влияние на развитие города.

Количество промышленных предприятий в первой половине XIX в. настолько увеличилось что территории Праги оказалось недостаточно для их размещения. В 1817 г. началось строительство района Карлин, изначально запланированного как промышленный. Кроме того, многие фабрики разместились в районах Смихов, Голешовицы и Либне. В Чехии оказалось сконцентрировано более 80% всех промышленных предприятий Австрийской империи, что привело не только к повышению благосостояния населения, но и увеличению значимости Чехии в составе империи.

Развитие промышленности вызвало необходимость в развитии транспорта. В 1832 г. был перестроен Карлинский порт и построен второй пражский мост, для транспортировки крупных грузов была укреплена набережная Влтавы вплоть до Карлова моста. В 1828–1829 гг. от Праги до Лан была проведена первая конная железная дорога.

В первой половине XIX в. был отмечен быстрый рост численности населения Праги – за период с 1822 по 1843 г. население увеличилось более чем на 20%, причем около 40% составляли немецкоязычные жители. С увеличением числа промышленных предприятий доля немецкоязычного населения в городе стала заметно сокращаться.