Шляхтичи собрались на съезд вооруженными, в сопровождении собственных крестьян. 23 мая съезд направил в Пражский Град делегацию, члены которой выбросили из окон канцелярии королевских наместников.

После этого в Праге было избрано правительство из 30 директоров. Руководители восстания надеялись, что им окажут поддержку Нидерланды и Протестанская уния в Германии, однако на стороне восставших выступил только один из протестантских князей – курфюрст Фридрих Пфальцский.

В марте 1618 г. император Матвей умер, после чего на сейме в Праге сословия отказались признать его наследника Фердинанда чешским королем и избрали на его место Фридриха Пфальцского. Однако Фердинанд был избран императором Священной Римской империи.

Почти сразу интересы нового правительства и королевских городов разошлись, так что в 1619 г. пражские горожане потребовали немедленного восстановления всех прав и привилегий, которые были ликвидированы после восстания в 1547 г.

Положение осложнилось тем, что большинство в войсках восставших составляли наемники, которым не только были чужды идеи протестантов, но и регулярно задерживалось жалованье, из-за чего они периодически грабили жителей Праги и других городов, а также сельское население Чехии.

Войска императора, которым оказывала поддержку Испания и Папа Римский, наоборот, усилились и в 1620 г. начали наступление на Чехию. 8 ноября 1620 г. произошло сражение у Белой Горы, завершившееся поражением восставших. Это сражение стало переломным моментом в войне. Чехия после этого утратила самостоятельность и, хотя формально оставалась королевством, оказалась в полной власти Габсбургов.

Тридцатилетняя война, продолжавшаяся с 1618 по 1648 г. оказала огромное влияние на историческое развитие Европы. Выбрасывание из окон королевских наместников в мае 1618 г. принято считать началом Тридцатилетней войны, в которую оказалось втянуто большинство европейских стран. Кроме того что начало конфликта было непосредственно связано с ситуацией в Чехии, в первые годы война шла преимущественно на ее территории. Именно поэтому первый период Тридцатилетней войны называется Чешским.

Основной причиной Тридцатилетней войны была политика австрийских и испанских Габсбургов, стремившихся захватить власть в большей части Европы и получить большее влияние на международной арене. Против Габсбургов выступили Нидерланды, Франция, Дания, Швеция и др. Во время первого и второго периодов войны – чешского и датского, военная ситуация складывалась по большей части в пользу габсбургской коалиции и это отрицательно сказывалось на положении Чехии.

В 1623 г. Чехия была оккупирована войсками императора, что вызвало массовую эмиграцию протестантского населения. Количество проживающих в Чехии людей сократилось на четверть, а население Праги уменьшилось вдвое.

На чешских землях наиболее болезненно отразилась политика террора и устранения инакомыслящих, проводимая Габсбургами. Сразу же после поражения сословных войск у Белой Горы в Праге состоялась показательная казнь руководителей восставших. Двадцать семь человек, в числе которых был и ректор Пражского университета Ян Есенский, были казнены на Староместской площади.

Контрреформационная политика и жестокое притеснение чехов стали причиной того, что весь период Тридцатилетней войны остался в истории страны как «эпоха тьмы». Из Праги и вообще из Чехии были вынуждены уехать многие видные деятели искусства и науки: всемирно известный педагог Ян Амос Каменский, магистр Пражского университета Павел Странский, многие музыканты, композиторы, художники.