Впервые Центросоюз привлек внимание чекистов в конце 1919 года. В феврале 1920 года руководство ВЧК доложило членам советского правительства, что чекистами арестовано 194 человека, которые занимали различные должности в центральном аппарате и петроградском отделении Центросоюза. Всем им инкриминировалась активная подрывная деятельность против советской власти. У многих из задержанных сотрудников и руководителей Центросоюза при обыске были обнаружены документы, изобличающие их в связях с белогвардейцами и интервентами.[27]

Результаты расследования чекистами деятельности Центросоюза газета «Правда» опубликовала 20 апреля 1920 года в статье «Белогвардейские кооператоры» за подписью Феликса Дзержинского. Вот текст этого сообщения:

«В период налаживания хозяйственной жизни страны Советская власть естественно и неизбежно должна была прибегнуть в области снабжения и распределения среди населения предметов первой необходимости к услугам и опыту старых кооператоров. Пользуясь иногда громадным доверием со стороны органов нашей власти и работая внешне рука об руку с ними, эти лица постоянно указывали, что, несмотря на разность политических убеждений и взглядов на развертывающиеся сейчас мировые события и на ход нашей революции, они тем не менее могут идейно и честно работать вместе с коммунистами на почве кооперации, так как последняя абсолютно нейтральна. Любимыми мотивами этой отживающей ныне свой век старой кооперации, оправдывающими ее существование, являлись в их устах: аполитичность кооперации, краснокрестный характер ее деятельности, невмешательство в государственную политику власти и т. п. Но все это было только на словах. На деле «нейтральность» по отношению к Советской власти превращалась внутри страны в глухую подпольную борьбу со всей линией нашей экономической политики, в то время как за советским рубежом кооперация, попавшая в сферу влияния белогвардейщины, немедленно сбрасывала маску «нейтралитета» и на этот раз искренне и дружно вливала и свои силы в единый фронт врагов большевизма. Так, например, в своем докладе Деникину, напечатанном в № 2 «Бюллетеня кооперации юга России» от 10 декабря 1919 г., член правления Центросоюза Н. М. Михайлов заявляет:

«Везде, где кооперативные организации входили в сферу влияния добрармии, они немедленно и на этот раз искренне и охотно устанавливали тесные отношения свои, иногда жестоко страдая от большевиков при временном возврате большевистской власти».

В настоящее время ВЧК располагает достаточным количеством материалов, которые с неопровержимой ясностью вскрывают эту подпольную сторону деятельности сохранившейся еще в правлении Центросоюза группы старых кооператоров. Путем следствия по делу о многочисленных злоупотреблениях в петроградских отделениях Центросоюза и Центросекции (происходивших еще до слияния этих двух организаций в одно целое) установлено, что эта группа за спиной остальной части правления проводила свою закулисную политику, идущую вразрез с интересами и заданиями Советской власти. Будучи через А. М. Беркенгейма, в свое время пробравшегося в Англию и сыгравшего такую «громкую» роль в вопросе о товарообмене, связаны с возглавляемым Беркенгеймом заграничным объединением русских кооператоров, эти лица получали от него инструкции и директивы, которые в конечном результате сводились к восстановлению в России свободной торговли, денационализации банков и пр., т. с, другими словами, к свержению Советской власти экономическим путем, что вполне совпадает с тезисами Михайлова в докладе Деникину.