Великие географические открытия и превратили Португалию в одну из важнейших мировых держав, претендующих на мировое господство. Короля Мануэла I современники называли «удачливым». В годы его правления наблюдались успехи во всех областях. Даже урожаи были самыми высокими, а Лиссабон по роскоши превзошел все европейские столицы.
Во время правления Мануэла I в португальской архитектуре процветал пышный стиль «мануэлино» с морскими и флористическими сюжетами и азиатскими мотивами, а студентов посылали на учебу во Францию и Италию. Жил Висенти, основоположник португальского театра, придумывал развлечения для королевского двора, а поэты ввели в обращение итальянские стихотворные формы.
Но, как это ни парадоксально звучит, богатство вело к разорению страны. При сравнительно небольшом населении (1 млн), происходил значительный отток португальцев в колонии. Поля приходили в запустение, а дешевые заморские товары делали бессмысленным внутреннее производство.
При Жуане III (1521–1557) страна стала ощущать нехватку государственных средств. Затраты на ежегодное снаряжение флота в Индию и комплектование личного состава военных крепостей и баз от Бразилии до Китая, падение цен на восточные товары и предоставление многочисленных привилегий обременили страну долгами. В этих условиях португальской монополии на торговлю с Востоком бросили вызов французские, а затем и английские купцы.
В 1578 году молодой король Себаштиан отправился в поход против мавров в Марокко, где погиб, не оставив наследников. Воспользовавшись этим, Испания захватила страну в 1580 году, и испанские короли правили Португалией 60 лет.
В 1640 году при поддержке Англии Португалия восстановила независимость: испанцы были изгнаны почти без кровопролития, и герцог Жуан Брагансский, ближайший португальский потомок Себаштиана по боковой линии, был провозглашен королем Португалии под именем Жуана IV. Так на два с половиной столетия в стране утвердилась династия Браганса.
У вернувшей себе независимость Португалии не было армии, а козна была пуста. Но с конца XVII века в разоренную страну потекли деньги из Бразилии, где были открыты золото и алмазы. Период бедности первых лет реставрации быстро остался позади. Большинство роскошных барочных церквей Португалии, сооруженных в это время, возводились и украшались именно на «бразильские» деньги.
В 1755 году произошло страшное землетрясение, разрушившее Лиссабон и многие города Алгарви. Однако благодаря тогдашнему главному министру маркизу Помбалу Лиссабон довольно быстро был восстановлен. Помбал начал также широкие реформы, в частности по модернизации экономики и ограничению влияния церкви.
В 1807 году Наполеон, господствовавший в Европе, вторгается в Португалию и его войска выступают маршем на Лиссабон. Но когда французы уже приближались к городу, португальский королевский двор отплыл на кораблях в Бразилию, оставив вместо себя регентский совет.
В 1808 году Португалия была охвачена восстанием. Генерал Артур Уэлсли, позже герцог Веллингтон, высадился с большой английской армией и вынудил французов оставить Португалию по условиям перемирия в Синтре. Попытки вторжения наполеоновских войск в страну с севера в 1809 и в 1810 годах также были остановлены португальско-английскими силами под руководством герцога Веллингтона, и в марте 1811 года французы были окончательно вынуждены покинуть Португалию.
Португальская королевская семья проживала в Бразилии, которая к этому времени вошла в состав объединенного королевства Португалии, Бразилии и Алгарви. Между тем в Португалии возникло либеральное движение против регентского совета. В конце концов, восстание гарнизона 24 августа 1820 года в Порту положило начало Португальской революции. Регентский совет сначала пошел на компромисс, затем капитулировал, а революционеры настояли на принятии конституции. Эти события заставили Жуана VI вернуться, заранее согласившись на установление конституционной монархии. Управлять Бразилией он оставил своего старшего сына Педру. Бразильцы выступили против отъезда короля и, когда лиссабонские либералы проигнорировали требования Бразилии, в 1822 году провозгласили независимость страны под руководством Педру.