Император Александр II и правящие круги выбрали второй путь. В январе 1857 года высочайшим указом создается Секретный комитет «для обсуждения мер по устройству быта помещичьих крестьян». Государь учредил комитет «в непосредственном своем ведомстве». Первое заседание Секретного комитета состоялось в Зимнем дворце в рабочем кабинете царствующего Романова.

Летом 1856 года в Министерстве внутренних дел товарищем (заместителем) министра А.И. Левшиным была разработана правительственная программа крестьянской реформы, которая хотя и давала крепостным крестьянам гражданские права, но сохраняла всю землю в собственности помещиков и представляла последним вотчинную власть в имении. Крестьяне в этом случае становились пользователями нормированных наделов, за что должны были исполнять всякого рода фиксированные обязанности (повинности) перед бывшим своим хозяином, главным землевладельцем и государством.

Эта программа была изложена в императорских рескриптах на имя генерал-губернаторов. В соответствии с рескриптами в губерниях стали создаваться специальные комитеты для рассмотрения дел на местах, а подготовка реформы получила гласность. Секретный комитет был переименован в Главный комитет по крестьянскому делу. Заметную роль в подготовке реформы стал играть Земский отдел при Министерстве внутренних дел, во главе которого стоял Н.А. Милютин, брат военного министра Д.А. Милютина.

В августе – сентябре 1858 года император Александр II совершает поездку по ряду губерний для ознакомления с положением на местах. Всюду в губернских комитетах шла борьба по вопросам о формах и степени уступок освобождаемому от крепостной зависимости крестьянству.

Предложения из губерний поступали в так называемые Редакционные комитеты. Когда вопрос о проведении крестьянской реформы обсуждался на Государственном совете, то государь сделал следующее заявление: «Все, что можно было сделать для ограждения выгод помещиков, сделано».

Окончательный вариант проекта реформы был подписан императором Александром II 19 февраля 1861 года. 5 марта он подписал манифест «О всемилостивейшем даровании крепостным людям прав состояния свободных сельских обывателей» и «Общие положения о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости». Все эти документы были подписаны до начала полевых работ.

В соответствии с этими документами крестьяне получали личную свободу и могли теперь свободно распоряжаться своим имуществом, заниматься торгово-промышленной деятельностью, покупать и продавать недвижимость, поступать на службу, получать образование, самостоятельно вести свои дела. Учреждалось крестьянское самоуправление, которому передавали сбор податей и ряд судебных полномочий. Сохранялась община и общинное землевладение.

В собственности помещиков оставалась вся земля, но часть ее, обычно сокращенный земельный надел, они обязаны были передать крестьянам в их личное пользование. Землей этой они могли пользоваться за фиксированные повинности.

За реформой 1861 года последовала отмена крепостного права на окраинах империи – в Грузии (1864–1871 годы), Азербайджане и Армении (в 1870–1883 годы). Удельные крестьяне (принадлежавшие царской семье) получили личную свободу по указам 1858 и 1859 годов. В 1866 году была проведена реформа в государственной деревне.

Крестьянские реформы в России фактически отменяли крепостное право и ознаменовали вступление страны на капиталистический путь развития. Однако в деревне сохранялось помещичье землевладение, что привело к резкому обострению социальных противоречий.