Протопоп был примерным семьянином. У Аввакума и его жены Настасьи Марковны было девять детей: двое из них умерли во младенчестве из-за лишений в ссылке, и протопоп их очень оплакивал; выросли четыре сына – Иван, Прокопий, Корнилий, Афанасий – и три дочери – Агриппина, Акулина и Аксинья. Аввакум много пишет о детях и жене, но важно понимать, что, несмотря на бытовые подробности и простой язык, образ протопопицы в «Житии» он выстраивает в соответствии с житийным каноном, как иллюстрацию святости самого Аввакума и всех его сподвижников. Настасья Марковна – бедная набожная сирота, четырнадцати лет от роду выбранная в жены Аввакуму его матерью, тоже женщиной набожной и благочестивой (в отличие от отца-пьяницы). Она безропотно сносит все лишения, следует за мужем в ссылку, ещё не оправившись от родов, теряет детей, терпит из-за него тюремное заключение. Наверное, самый знаменитый фрагмент «Жития» – диалог протопопа с женой во время пятидневного перехода по льду озера: «Протопопица бедная бредет-бредет, да и повалится, – кользко гораздо! ‹…› …на меня, бедная, пеняет, говоря: «Долго ли муки сея, протопоп, будет?» И я говорю: «Марковна, до самыя смерти!» Она же, вздохня, отвещала: «Добро, Петровичь, ино еще побредем». Это, наверное, единственный раз, когда Настасья Марковна дрогнула. В другой раз протопоп сам пал духом, видя, что ему не удаётся переубедить царя, что ересь никонианская побеждает и, если он будет упорствовать, пострадает его семья, – тут, наоборот, Настасья Марковна стыдит его, веля о детях не волноваться, а идти в церковь обличать Никона.

Аввакум очень ценит жену за силу духа – чуть ли не единственный раз он говорит о ней пренебрежительно именно потому, что она недосмотрела за детьми, которые малодушно отреклись от старой веры и уцелели, отделавшись тюремным заключением: «…Жила бы, не розвешав уши, а то баба, бывало, нищих кормит, сторонних научает, как слагать персты, и креститца, и творить молитву, а детей своих и забыла подкрепить, чтоб на висилицу пошли и з доброю дружиною умерли заодно Христа ради».

Поколотив как-то раз жену, протопоп кланяется ей в ноги и накладывает на себя епитимью: очевидно, несмотря на вспыльчивость, домашнее насилие он нормой не считал. Из детей он особенно выделял старшую дочку Агриппину: уже в конце жизни из земляной тюрьмы в Пустозерске он, сам живущий передачками с воли, посылает ей в Москву кусок холста и в письмах настойчиво интересуется, дошёл ли подарок.

В то время как сподвижников строптивого протопопа вешали у него же на воротах, резали им языки и секли руки, сам он до самого своего сожжения отделывался сравнительно легко: его не калечили, из ссылки его возвращали, переубеждали всем двором, просили уже даже не принять реформу, а хотя бы помолчать и не мешать; уже во второй ссылке ему смягчили по его просьбе условия содержания – на пути в Пустозерск, где он впоследствии окончит свои дни, его с семьёй сперва оставили в Мезени. Объясняется это всё несколькими причинами. Во-первых, царь Алексей Михайлович Аввакума любил и уважал. И ещё больше любили Аввакума царица Мария Ильинична и царевны: когда Аввакум был расстрижен и предан анафеме, царица, по свидетельствам очевидцев, дома устроила царю основательную взбучку. Царевна Ирина послала Аввакуму в Сибирь богатое облачение, которое спасло ему жизнь: в голод он выменял его у воеводы на еду. Аввакум не раз пишет в «Житии» о знаках внимания со стороны Алексея Михайловича, который в церкви после пасхальной службы стоял и дожидался, пока разыщут малолетнего Аввакумова сына, чтобы погладить его по головке и одарить крашеным яичком. Накануне отправки Аввакума в последнюю ссылку царь ходит вокруг его темницы и вздыхает, а вдогонку ему шлёт письмо, обещая заступничество перед патриархом и прося молитв.