В 1948 году, когда позиции Маленкова в окружен Сталина стали укрепляться, Пономаренко перебрался Москву уже как один из секретарей ЦК ВКП(б). В Политбюро именно Маленкову Сталин поручил общее руководство сельским хозяйством, хотя Маленков имел о нем лишь самые поверхностные знания. Сталинская администрация делала главный упор не на производство, а на заготовки сельскохозяйственных продуктов, и Пономаренко, оставаясь секретарем ЦК ВКП(б), был назначен также и министром заготовок СССР. После XIX съезда Пономаренко вошел в состав расширенного Президиума ЦК КПСС, но в марте 1953 года он был выведен из Президиума, хотя и остался кандидатом в член этого высшего органа партийного руководства. Состав Совета Министров СССР в эти месяцы был также сокращен, а министерство заготовок ликвидировано. Тем не менее, по рекомендации Маленкова П. К. Пономаренко был назначен на пост министра культуры. Надо сказать, что, по свидетельству всех людей, знавших Пантелеймона Кондратьевича, он был человеком очень образованным, и потому назначение его министром культуры не вызвало никаких кривотолков. Но если Маленков явно благоволил к Пономаренко, то Хрущев относился к нему резко отрицательно и явно не хотел оставлять его в группе руководящих работников в Москве. (Сын Никиты Сергеевича, Сергей Хрущев, с которым отец часто беседовал на политические темы, и сейчас считает отношение Хрущева к Пономаренко довольно необычным. Как рассказывал автору книги Сергей Никитич, его отец обычно аргументировал свое отношение к тому или иному человеку, приводил разного рода конкретные факты. Между тем от разговоров о Пономаренко он уклонялся, ограничиваясь общими словами.)
Решение направить Пантелеймона Кондратьевича в Казахстан вряд ли открывало для него какие-то особые возможности. Иное дело Л. И. Брежнев. Новое назначение было для него переходом от фактического прозябания в Политуправлении Советской Армии и ВМФ к активной политической и хозяйственной деятельности. После недолгих сборов 52-летний Пономаренко и 47-летний Брежнев вылетели в Алма-Ату.
В сущности, у них не было ни времени, ни возможности познакомиться с республикой, ее проблемами и кадрами, так как уже 5 февраля 1954 года в Алма-Ате начал работу 9-й пленум ЦК КП Казахстана. Этот пленум обсудил вопрос «о ходе дальнейшего развития сельского хозяйства СССР» и принял постановление, главным пунктом которого являлся, естественно, пункт о подъеме целинных земель. Ни Пономаренко, ни Брежнев не выступали на этом пленуме, который тем не менее избрал по рекомендации ЦК КПСС П. К. Пономаренко Первым секретарем, а Л. И. Брежнева вторым секретарем ЦК КП Казахстана. Одновременно были освобождены от этих постов Д. Шаяхметов и И. Афонов. Еще через десять дней в Алма-Ате был досрочно созван VII съезд Компартии Казахстана, который ввел Пономаренко и Брежнева в состав ЦК КП Казахстана и признал работу прежнего руководства республики в области сельского хозяйства неудовлетворительной. Съезд одобрил политику по освоению целинных земель, хотя это и вызывало недовольство части казахского населения.
Руководить такой республикой, как Казахстан, да еще в 1954–1955 годах было нелегким делом. Как союзная республика Казахстан был образован только в 1936 году, до этого он входил в состав РСФСР как автономная республика. После Российской Федерации Казахская ССР была самой обширной по территории союзной республикой, занимая 2,72 миллиона квадратных километров. В 1950 году в республике проживало 6,6 миллиона человек, в подавляющем большинстве это были казахи. В годы войны экономика Казахстана значительно укрепилась, так как сюда были эвакуированы сотни предприятий из западных районов СССР, и после войны многие из этих предприятий остались в Казахстане вместе с частью кадровых работников. Сельское хозяйство республики развивалось более медленно, хотя война дала толчок и здесь: потеря Украины и части Северного Кавказа вынуждала расширять посевные площади на востоке страны. Если в 1936 году вся посевная площадь в Казахстане составляла 5,3 миллиона гектаров, то в 1953 году посевные площади всех сельскохозяйственных культур республики равнялись 9,7 миллиона гектаров. Казахстан был, однако, в середине 50-х годов особой республикой. Еще в 30-е годы здесь развернулось грандиозное по масштабам строительство «исправительно-трудовых» лагерей. После Колымы и Дальнего Востока Казахстан был основным районом сосредоточения сталинских лагерей. Еще не было XX съезда, еще не было массовых реабилитаций, и, вероятно, не менее 1,5–2 миллионов заключенных томились за колючей проволокой на его территории. В годы войны обширные и малонаселенные районы этой республики стали местом ссылки для части опальных народностей Поволжья и Северного Кавказа. Немцы Поволжья, чеченцы, ингуши и некоторые другие жили здесь в спецпоселениях, лишенные элементарной свободы передвижения. После смерти Сталина во всех этих лагерях, тюрьмах, спецпоселениях и среди ссыльных иных категорий возрастало недовольство и волнение…