Военное положение могло вводиться не только в местностях, оказавшихся перед угрозой вражеской оккупации, но и в отдельных, особо важных с оборонной точки зрения отраслях народного хозяйства. В частности, учитывая опыт I Мировой войны, военное положение было объявлено на транспорте. Здесь оно означало введение воинской дисциплины в системе транспортных ведомств. По сути, транспортные служащие и рабочие приравнивались к военнослужащим и наравне с ними несли дисциплинарную, а в ряде случаев так же уголовную ответственность за совершенные проступки и преступления. Такие меры помогли сохранить высокую эффективность транспорта на протяжении всей войны.

В условиях непосредственной угрозы захвата городов прифронтовой зоны неприятелем, в них могло вводиться и осадное положение. От военного, осадное положение отличалось еще более жесткой регламентацией режима. Осадное положение постановлением ГКО было введено, к примеру, в октябре 1941 года в Москве. Действовало оно так же в Ленинграде, Сталинграде и некоторых других городах и районах прифронтовой полосы, особо важных в военном отношении. В городах, объявленных на осадном положении, вводился комендантский час, упорядочивалось и подлежало контролю передвижение транспортных средств и населения. Охрана общественного порядка усиливалась. Нарушители режима осадного положения могли привлекаться к уголовной ответственности с передачей дела военному трибуналу. Расстрелу на месте подлежал любой, кто был уличен в провокаторской деятельности, шпионаже или призывал к нарушению порядка.

Для решения конкретных задач в военные годы формировали так же узкоспециальные чрезвычайные органы. В частности, таким органом являлась Чрезвычайная Государственная Комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников и причиненного ими ущерба гражданам, колхозам, общественным организациям, государственным предприятиям и учреждениям СССР. Она была создана указом Президиума ВС СССР от 2 ноября 1942 года. Председателем комиссии был назначен секретарь ВЦСПС Н. М. Шверник. В нее, помимо представителей партии, таких как А. А. Жданов, входили известные, авторитетные общественные деятели: писатель А. Н. Толстой, историк-патриот Е. В. Тарле, нейрохирург Н. Н. Бурденко, селекционер и агроном академик Т. Д. Лысенко и др. Ряд исследователей, в частности немецкий историк Дитер Поль, пытаются поставить объективность комиссии под сомнение (что, впрочем, в обстановке нарастающих на Западе, в том числе даже в Германии, попыток пересмотра позиции СССР во II Мировой войне, вполне понятно – одним из приемов принижения роли вклада нашей страны в общую победу все чаще выступает приуменьшение масштабов зверств нацизма, обеление военных преступников). Помимо общегосударственной, аналогичные комиссии имелись в республиках, краях областях и городах. Результаты их расследований были представлены советской стороной на Нюрнбергском процессе в качестве неопровержимых свидетельств преступной деятельности оккупантов.

Чрезвычайные органы не могли полностью заменить всю систему управления мирного времени, да этого и не требовалось. Наряду с ними продолжали действовать конституционные органы власти и управления. Война внесла свои коррективы в организацию и порядок их работы. В частности, условия войны и оккупации больших территорий СССР не позволили провести в предусмотренные законом сроки очередные выборы в Советы всех ступеней. Президиум ВС СССР и президиумы Верховных Советов союзных республик неоднократно откладывали их проведение, но в годы войны организовать их так и не удалось. Выборы состоялись только после войны, когда политическая и экономическая ситуация начала стабилизироваться. Несмотря на это, советские органы должны были продолжать свою работу. Решено было, что избранные в предвоенное время депутаты Верховного Совета СССР, Верховных Советов республик и местных Советов продолжат свою работу то тех пор, пока в этом будет сохраняться необходимость.