Основное развитие медицинские учреждения Санкт-Петербурга получили в XIX веке, особенно в его второй половине. Управление медициной в тогдашней России осуществлялось несколькими учреждениями. Медицинский совет (находился на Театральной ул., 3) при Министерстве внутренних дел являлся высшим консультативным органом в империи. В его ведении находились такие вопросы, как открытия в лечебном деле, эпидемии, вопросы врачебной практики, цензура медицинских изданий и т. д. Дополнительно при МВД существовал Медицинский департамент (Театральная ул., 3), заведовавший всеми гражданскими врачебными и санитарными учреждениями и практикующими врачами. Врачебными делами в русской армии занималось Главное военно-медицинское управление (Караванная ул., 1), на флоте – Управление главного медицинского инспектора флота. Ведомство учреждений императрицы Марии (Казанская ул., 3) содержало больницы, научные медицинские институты и вообще учебные и благотворительные учреждения. На Морской ул., 63, находилось Столичное врачебное управление, в подчинении которого находилась гражданская медицина города. Врачебно-полицейское управление занималось судебно-медицинскими делами, при Городской думе работали Городские больничные и санитарные комиссии.

В 1910 году в Санкт-Петербурге насчитывалось 278 лечебных заведений с общим количеством стационарных мест около 20 тысяч.

Главным медицинским центром империи была Медико-хирургическая академия, занимавшая специально выстроенное в 1800 году для нее здание на Выборгской стороне, на месте, где при Петре I открыли первый госпиталь. 28 июня 1808 года высочайшим указом был утвержден Устав нового медицинского учебного заведения, а в августе того же года она получила почетное звание «Императорской» и стала «первым учебным заведением империи». Точной даты основания Академии нет, но в 1998 году в Военномедицинской академии отмечали 200-летний юбилей, так что примерная дата все же существует.

Организация большого медицинского центра, совмещающего в себе функции научного института, учебного заведения и лечебницы назрела в России уже в начале XVIII столетия. Во многом идею такого заведения привнесли к нам приглашенные Петром врачи из Европы. Появление в начале XIX века Медико-хирургической академии было встречено медицинской общественностью России с воодушевлением. Комплекс зданий академии разместился на набережных Невы и Большой Невки (Пироговская набережная). Главное здание, повернутое боковым фасадом к реке, начали возводить при императоре Павле I в 1799 году по проекту архитектора Антонио Порто. В центральном корпусе зодчий разместил канцелярию, большой зал для заседаний, библиотеку, комнаты для учащихся и столовую с кухней. Неожиданно Порто умер и строительство приостановилось. Только в 1806 году после шестилетнего перерыва работы на главном здании Академии возобновилось, тогда же здесь появился церковный флигель, пристроенный со стороны конференц-зала.