Адмиралтейская коллегия должна была установить единство и правильность в управлении военным флотом и всеми морскими делами. До тех пор высшим административным местом по этой части была «военная морских дел канцелярия», заменившая приказ адмиралтейских дел, находившийся прежде в Москве; но все распоряжения, главным образом, исходили от лица адмирала, которым был Федор Матвеевич Апраксин. Хозяйственною частью заведовал морской комиссариат под управлением обер-кригс-комиссара. В состав адмиралтейской коллегии входили: адмирал, вице-адмирал, обер-кригс-комиссар и несколько шаубенахтов. Под ее начальством были все прежние морские канцелярии и конторы, которых было тринадцать, сообразно разным видам морского управления. Для руководства этой коллегии составлен был в 1720 г. морской устав с предисловием, излагавшим предыдущую историю морского дела в России. Текст устава заключал в себе устройство морской службы, корабельную полицию и морское судопроизводство. Уголовные морские законы отличались еще большею суровостью, чем воинский устав, служивший руководством для армии. Матросы за легкие проступки подвергались битью шпицрутенами и кошками, за более тяжкие преступления – кнуту, вырезанию ноздрей и ссылке в каторжную работу и смертной казни, которая могла постигать и состоящих в офицерских чинах. Кроме повешения и отрубления головы, употреблялись: колесование, четвертование, прожжение языка и сожжение.

Адмиралтейская коллегия вступила в полную свою деятельность не ранее 1722 года, когда составлен был адмиралтейский регламент, где изложены были правила об управлении флота, содержании портов и верфей, указаны подробно обязанности начальствующих лиц и матросов и способ морского делопроизводства.

Горное дело Петр соединил в одном ведомстве с мануфактурным, так как обе отрасли государственного хозяйства были им равно особенно любимы, и в обеих отраслях необходимо было распространение специальных знаний и искусства. Тем и другим заведовала берг- и мануфактур-коллегия. Всем дозволялось, как на собственных, так и на чужих землях, искать металлов, минералов, красок и камней. Кто пожелает устроить завод, должен явиться в С.-Петербурге в берг-коллегию, а в Москве и других городах к берг-офицерам, определенным от берг-коллегии. Когда, после такого заявления, офицеры, посланные от берг-коллегии, произведут разведку, тогда хозяин может просить о дозволении открыть завод и получить жалованную грамоту. На разработку руды полагалось место в 250 сажен длиною и 250 шириною. Помещик без дозволения не мог строить заводов на собственной земле. Если же он не просил о разрешении самому устраивать завод, то должен был не препятствовать, когда другие в его землях будут искать руду и минералы и испросят дозволение строить заводы; в таком случае учредители обязаны платить владельцу земли одну треть прибыли, получаемой с каждого металла или минерала. Владелец завода обязан был продавать золото, серебро, медь и селитру в казну по ценам, установленным берг-коллегией, а железо, свинец, олово и другие металлы и минералы мог продавать свободно, кому хотел. Рабочие на заводах освобождались от солдатской и матросской службы и от всех денежных поборов, налагаемых повально на народонаселение. Кто, зная о существовании где-нибудь руды, утаивал ее перед казною, тот подвергался телесному наказанию и даже, смотря по важности вины, смертной казни.

Указ о порядке производства дел в иностранной коллегии мы застаем только в 1720 году, от 13-го февраля. В важных случаях президент и вице-президент должны были созывать на обсуждение дел всех или нескольких действительных тайных советников, из которых первенствующее значение имели советники тайной канцелярии (Остерман и Степанов). Они должны были сочинять грамоты к иностранным государям, важнейшие рескрипты, резолюции и декларации, требующие великого секрета, а прочие, не так важные, поручать составлять своим секретарям, которые значились по экспедициям: на российском, польском, турецком и других иностранных языках.