Ливонию продолжали разорять русские и в следующем 1703 году, а в 1704 г. Шереметев доносил царю в таких выражениях: «Больше того чинить разорения нельзя и всего описать невозможно; от Нарвы до границы считают восемьдесят миль, а русскою мерою будет с лишком 400 верст, и Бог знает, чем неприятель нынешнюю зиму остальные свои войска прокормит, можете ваше величество рассудить; только остались целыми Колывань, Рига и Пернов, да местечко за болотами, меж Риги и Пернова, Реймеза (Лемзаль)». Петр похвалял за это Шереметева и приказывал разорять край до последней степени.

Когда таким образом Шереметев опустошал шведскую провинцию Ливонию, сам царь делал завоевания в другой шведской провинции – Ингрии, бывшей некогда новгородскою землею; и здесь завоевание сопровождалось таким же варварским опустошением, как и в Ливонии; там – Шереметев, здесь свирепствовал Апраксин. Последний прошел вдоль Невы до Тосны: «все разорил и развоевал», от рубежа до р. Лавы верст на сто. Но Петр не был доволен разорением ингрийского края, подобно ливонскому, так как у Петра была уже мысль утвердиться при устье Невы. В октябре 1702 года Петр приступил к крепости Нотебургу и после семидневного бомбардирования, а потом, после сильного штурма, нотебургский комендант Густав Шлиппенбах, 11-го октября, сдал крепость на капитуляцию со всеми орудиями и запасами. Эта крепость была древний русский город Орешек, уступленный Швеции по Столбовскому миру, но Петр, пристрастный к иноземщине, не возвратил ему древнего русского названия, а назвал Шлиссельбургом (т. е. Ключом-городом). Меншиков был назван губернатором новозавоеванного города. Петр, любивший вообще праздновать свои победы несколько на классический образец, торжествовал покорение Орешка триумфальным шествием в Москву через трое ворот, построенных нарочно по этому случаю. Неутомимый царь после этого празднества отправился из Москвы в Воронеж, осмотрел на дороге работы канала между верховьем Дона и р. Шатью, впадающею в Упу, заложил в имении Меншикова у верховья р. Воронежа город Ораниенбург, осмотрел воронежские корабли, сделал распоряжения о присылке туда рабочих людей и железа и в то же время был, по его собственным словам, «зело удоволен бахусовым даром», а весною уже был снова на Неве в Шлиссельбурге и так рассердился на Виниуса за неаккуратность в доставке артиллерийских снарядов и лекарств в Шлиссельбург, что отставил его от службы и наложил на него большое взыскание.

25 апреля 1703 г. Петр вместе с Шереметевым, с 25 000 войска подступил к крепости Ниеншанцу, построенной при устье р. Охты, впадающей в р. Неву. После сильной пушечной пальбы комендант полковник Опалев, человек старый и болезненный, сдал город, выговоривши себе свободный выход. Между тем шведы, не зная о взятии Ниеншанца, плыли с моря по Неве для спасения крепости. Петр выслал Меншикова с гвардиею на тридцати лодках к деревне Калинкиной, а сам с остальными лодками тихо поплыл вдоль Васильевского острова, под прикрытием леса, и отрезал от моря вошедшие в Неву суда от прочей эскадры, стоявшей еще в море. Русские напали на два шведские судна с двух сторон. Шведы были застигнуты врасплох так, что из семидесяти семи человек осталось в живых только девятнадцать. Русские убивали неприятеля, даже просившего пощады, и взяли два большие судна. Событие это, по-видимому незначительное, чрезвычайно ценилось в свое время: то была первая морская победа русских, и Петр, носивший звание бомбардирского капитана, вместе с Меншиковым, пожалован был от адмирала Головина орденом Андрея Первозванного. 16 мая того же года на острове, который назывался Янни-Саари и переименован был Петром Люст-Эйландом (т. е. Веселым островом), в день Св. Троицы Петр заложил город, дав ему название С.-Петербурга. Первою постройкою его была деревянная крепость с шестью бастионами; вместе с тем царь приказал построить для себя домик, сохраняемый до сих пор, также на берегу Большой Невки дом для Меншикова, нареченного санкт-петербургским губернатором, и дома для других близких к царю сановников. В ноябре 1703 года прибыл в только что заложенный Петром город первый голландский купеческий корабль. Петр лично провел его в гавань и щедро одарил весь экипаж корабля. В том же году осенью Петр поплыл на остров Котлин, вымерял сам фарватер между островом и находившеюся против него мелью и заложил крепость, назвавши ее Кроншлотом. Все это были события, оказавшиеся громадной важности по своим последствиям в русской истории. Близ возвращенного России древнего новгородского Нового-Острога, переименованного шведами в иностранное название Ниеншанца, суждено было явиться новому, также с иностранным именем, городу и сделаться столицею новой русской империи.