В 1796 году было завершено строительство храма Воскресения Христова. Отец Герман на новом месте поначалу нес послушание в пекарне и занимался хозяйственными заботами Миссии.

Во время бури в 1799 году преосвященный Иоасаф со своими спутниками погиб в волнах океана. На острове осталось всего четыре миссионера. На помощь оставшимся в живых миссионерам в 1804 году был командирован только один иеромонах Александро-Невской лавры Гедеон. Он на некоторое время возглавил Миссию. Его заботами была устроена школа для детей крещеных алеутов. В 1807 году иеромонах Гедеон навсегда покинул миссионеров, возложив всю ответственность на преподобного Германа, который до самой кончины своей оставался духовным отцом, пастырем и попечителем душ человеческих в доверенной ему Миссии. Преподобного хотели посвятить в сан иеромонаха и возвести во архимандрита, но он отказался от какого бы то ни было возвышения и до конца своих дней пребывал простым монахом.

С 1807 года он заведовал школой, в которой обучались 20 мальчиков. Старец учил их чтению, письму, Закону Божию, Священной истории, церковному пению и земледелию.

Преподобный Герман был для местных жителей истинным добрым пастырем и защищал их, как мог, от злых и хищных людей, которые видели в островитянах только объект для жестокой эксплуатации. В том, что новообращенные не отвергли веру пришельцев – эксплуататоров и угнетателей – великая заслуга преподобного Германа. Непоколебимо и настойчиво, не имея никакой поддержки, кроме своей пламенной веры, старец продолжал свое заступничество за обиженных и угнетенных, видя в этом свой долг и призвание, сущность которого он выразил удивительно простыми словами: «…я – нижайший слуга здешних народов и нянька».

Тайные подвиги и келейные молитвы старца оставались неведомыми миру, но виден был окружавшим свет его жизни, полное самоотречение, нестяжательность и сурового пренебрежения всеми удобствами. Одежда его была самая убогая и очень ветхая. Всем своим видом, всеми привычками старец Герман живо напоминал современникам древних отшельников. Беседа старца производила на слушавших неотразимое впечатление. Особенно поражали собеседников ясность его мыслей, отчетливость и быстрота суждений.

Ярко свидетельствует об этом случай с С.И. Яновским, правителем администрации Российско-Американской компании, приступившим к своим обязанностям в 1817 году.

Прп. Герман Аляскинский

Семен Иванович Яновский, аристократ по происхождению, был человеком всесторонне образованным и начитанным, но его религиозно-философские взгляды сводились к модному в те времена деизму. Христианства он, по существу, не знал (хотя формально считался христианином). Православие, Церковь, Таинства – были для него понятиями, не заслуживающими серьезного внимания. Преподобный Герман много беседовал с ним. Впоследствии С.И. Яновский писал: «Такими постоянными беседами и молитвами святого старца Господь совершенно обратил меня на путь истинный, и я сделался настоящим христианином». Он называл старца «святым мужем», «великим подвижником»; как великую драгоценность он хранил у себя письма преподобного Германа. Такое же благоговение к личности святого испытывали и многие другие его современники.

Отец Герман жил сначала возле храма миссии, на Кадьяке, а в период между 1811 и 1817 годами в поисках уединения переселился на пустынный остров Еловый (Спрус) в 2 верстах от острова Кадьяк, назвав свою обитель Новым Валаамом.

Здесь выкопал землянку, позднее построил возле нее бревенчатую келью. Постелью старцу служила небольшая скамья, под голову он подкладывал 2 кирпича, укрывался доской. Одежда его была одна и та же зимой и летом: меховая парка, надетая на голое тело, поверх нее подрясник и ряса, на голове клобук, на ногах сапоги. Носил 15-фунтовые вериги. Ел очень мало: немного рыбы и овощей. Время, свободное от богослужения, проводил в трудах – занимался огородом, к зиме запасал грибы и рыбу. Все, что приобретал, отдавал бедным и сиротам. Со временем недалеко от кельи были построены часовня и дом для посетителей, в котором также находилось училище для сирот. Прп. Герман учил детей Закону Божию и пению.